r - 通过尖端标签折叠进化枝，同时保持系统发育位置

Question

我可能可以更好地措辞标题，但我想折叠系统发育树中的任何进化枝（即使进化枝有一个成员），其尖端标签为“foo”，然后计算从中丢弃的尖端数量那个特定的进化枝并创建一个带有显示 35 foos 的尖端标签的分支。

计数部分很容易；但是，当我使用

drop.tip(rooted.tree,tip=which(rooted.tree$tip.label=='foo'),subtree=TRUE)

掉落的尖端不会保持其在树中的位置。相反，它们都在最后分组（但是正确计算）。有没有办法通过尖端标签折叠进化枝并保持其在树上的位置？

Answer 1

棘手的部分是确定你有多少个单独的单系进化枝。这个函数应该可以解决问题。

collapse_identical_tips <- function(phy,tip_label){
  matching_tips <- which(phy$tip.label==tip_label)
  nt <- length(phy$tip.label) # number of tips in tree
  nm <- length(matching_tips) # Number of tips matching the label
  keep <- numeric(nm)

  cur_tip <- 1
  while(cur_tip<=nm){
    if(cur_tip == nm){
      keep[cur_tip] <- 1
      break
    }
    next_tip <- cur_tip + 1
    mrca_ <- getMRCA(phy,c(matching_tips[cur_tip],matching_tips[next_tip]))
    descendants <- getDescendants(phy, mrca_)
    descendant_tips <- descendants[descendants<=nt]
    if(all(descendant_tips %in% matching_tips)){
      keep[cur_tip] <- 1
      cur_tip <- cur_tip + length(descendant_tips)
    }else{
      keep[cur_tip] <- 1
      cur_tip <- cur_tip + 1
    }
  }
  to_drop <- matching_tips[!keep]
  new_phy <- drop.tip(phy,to_drop)
  return(new_phy)
}

测试一下：

tc <- "(A:3.135206161,(B:2.757615245,(((C:0.5796267872,((foo:0.1917981792,(foo:0.08246947568,foo:0.08246947568):0.1093287035):0.2328473818,(D:0.3107268924,E:0.3107268924):0.1139186686):0.1549812262):0.3387382152,F:0.9183650024):1.172666972,(((G:0.02437174382,H:0.02437174382):0.4727952475,foo:0.4971669913):0.8701228492,(foo:1.124632261,(foo:0.6503599778,foo:0.6503599778):0.4742722831):0.2426575797):0.7237421344):0.6665832698):0.3775909166);"
phy <- read.tree(textConnection(tc))

plot(phy)

plot(collapse_identical_tips(phy,"foo"))