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我正在尝试将系统发育树排列到显示一组相关生物体的生理数据的图表上。有点像下图。这是从 2 个单独的图表中放在 powerpoint 中的。我想它可以完成工作，但我希望创建一个我认为更容易格式化成文档的图像。我可以使用 ggplot2 生成我想要的图形，并使用 ape 导入树。我在想应该有一种方法可以将树保存为图形对象，然后使用 gridExtra 中的 gridarrange 函数将其与图形一起排列。问题是猿不会让我将树保存为图形对象，例如，

p2<-plot(tree, dir = "u", show.tip.label = FALSE)

只是绘制树，当你调用 p2 时，它只给出一个参数列表。我想知道是否有人有任何提示。

谢谢！

在此处输入图像描述

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我不确定这是否适用于 CRAN 的 gtable

require(ggplot2)
require(gridBase)
require(gtable)

p <- qplot(1,1)
g <- ggplotGrob(p)

g <- gtable_add_rows(g, unit(2,"in"), nrow(g))
g <- gtable_add_grob(g, rectGrob(),
                     t = 7, l=4, b=7, r=4)

grid.newpage()
grid.draw(g)

#grid.force()
#grid.ls(grobs=F, viewports=T)
seekViewport("layout.7-4-7-4")
par(plt=gridPLT(), new=TRUE)
plot(rtree(10), "c", FALSE, direction = "u")
upViewport()

在此处输入图像描述

于 2013-07-23T00:00:42.263 回答
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首先，我要感谢baptiste的所有多个答案，这些答案解决了我与 ggplot2 的大部分问题。

其次，我有一个类似的问题，即在使用 ggplot2 获得的热图中包含来自猿的树。Baptiste 让我很开心，尽管我的简化版本可能会有所帮助。我只使用了对我有用的东西（删除了 gg_rows 的添加）。

library(ape)
tr <- read.tree("mytree.tree")
# heat is the heatmap ggplot, using geom_tile
g <- ggplotGrob(heat)
grid.newpage()
grid.draw(g)
# use oma to reduce the tree so it fits 
par(new = TRUE, oma = c(5, 4, 5, 38))
plot(tr)
nodelabels(tr$node.label, cex = 1, frame = "none", col = "black", adj = c(-0.3, 0.5))
add.scale.bar()
# use dev.copy2pdf and not ggsave
dev.copy2pdf(file = "heatmap_prob.pdf")

结果在这里 热图树

于 2014-02-13T13:51:41.420 回答