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以下是同一棵树（系统发育）的三个等效表示。我试图找出一种算法来检查两个树表示是否等效。如果节点之间的父子关系相似，则树被定义为等效的。

任何人都可以提出一种方法吗？

我知道树状图很受欢迎。但是，如果有大量的观察和类别，则很难遵循。但是有时我觉得应该有更好的方法来呈现同样的东西。我有一个想法，但不知道如何实现它。

考虑以下树状图。

可以像散点图一样绘制它。其中两点之间的距离用线绘制，而单独的簇（假定阈值）是彩色的，圆的大小由某个变量的值决定。

在 Stackoverflow 的几个人的帮助下，我想出了以下代码：

但是，我将 HPV16 硬编码到 xpath 表达式中。我想从线 [0] 中取出 HPV16。我在想类似的事情：

但是，这似乎不起作用！一如既往，任何帮助将不胜感激

编辑：我按照要求从 xml 文件中添加了几行：

我想在 R 中创建二分网络。例如，如果您有两种类型的物种的 data.frame（只能跨物种交互，不能在物种内交互），并且每个物种都有一个特征值（例如，捕食者的嘴允许谁吃掉哪种猎物），我们如何根据物种的特征模拟一个网络（也就是说，两个物种只有在它们的特征值重叠时才能相互作用）？

更新：这是我正在尝试做的一个最小示例。1）创建系统发育树；2）在系统发育上模拟性状；3）创建基于物种特征值的网络。

这是我第一次与 R 合作。

我有一张 3 列 12090 行（156 个细菌）的桌子。前两列是细菌的名称，最后一列是表示生物之间相关性的数字（基于一种基因组相似性）。例如（组成数字）：

我希望能够将这些邻居加入到某种系统发育树中。我看到'nj'需要一个距离矩阵来做到这一点。我如何将其转换为距离矩阵或可用格式？（数字已经是距离，所以不应该做任何数学运算）我已经尝试过 as.dist() 和 as.matrix() 和 reshape() 但作为新手，我可能做错了一切。（重塑可能是我需要的..）

或者，如果有人知道如何通过其他方式将它们变成一棵树，那就太好了。

谢谢你的帮助。

我的任务是编写一个简短的程序来创建一个系统发育树（叶节点中的所有数据）给定一个三元组数据集，形式为（b，c，a），其中a是最不常见的祖先b和c。_

我有一份 Aho、Sagiv、Szymanski 和 Ullman 的论文“Inferring a Tree from Lowest Common Ancestors with an Application to the Optimization of Relational Expressions”（SIAM J. Computing 第 10 卷第 3 期，1981 年 8 月）。我已经完成了算法的描述，但被困在标记为“归纳”的部分，叶子是由它们的共同祖先选择的。在网上查找信息会发现我的页面往往会跳过这部分。我认为这很明显，我错过了什么？

到目前为止我所拥有的（在 perl 中，尚未分解为子例程）：

数据文件：

搜索（https://www.google.com/search?q=phylogenetic+tree+from+triplets是典型的）到目前为止还没有给我有用的信息，尽管Triplet Methods (PDF) 接近了（我怀疑有一个错误虽然在图表中）。

我还阅读了 Snir 和 Rao 的“Using Max Cut to Enhance Rooted Trees Consistency”，IEEE/ACM Transactions on Computaional Biology and Bioinformatics，vol 3 no。2006 年 10 月至 12 月 4 日），这有助于澄清一些问题，但不是阻碍我的问题。

谢谢你。

我是WPF的新手。问题是关于在 WPF 中显示树结构。

我有一个 WPF 应用程序，它将连接到远程数据库。数据库中的一个表（分类表）有两列：“父节点”（varchar（50））和“子节点”（varchar（50））。现在我想显示那个系统发育树（如图所示）。树上的每个节点都与一个复选框耦合，因此用户可以根据需要选择多个节点。

由于缺乏 WPF 知识，我真的不知道如何实现这一点。这里应该使用哪些控件（或控件组合）？在这种情况下是否需要 WCF？

提前致谢。

非常感谢任何建议或教程。

使用ape::consensus分支长度制作共识树时会丢失。有没有办法不丢失分支长度？或者在制作完成后以某种方式将它们添加到共识树中。

我对使用 RapidXML 解析 XML 树很感兴趣；但是，这个 XML 有几层我不需要的行。这是因为它是遗传树的表示，许多层被称为“进化枝”，这对我来说基本上是无用的信息。

例如，这里是一个文档示例：

树的这一部分应该代表真核生物是新村的孩子，而新村又是系统发育的孩子。但是，如果我使用 RapidXML 解析它而不考虑进化枝节点的外观，那么它将有几个不必要的层。有谁知道如何进行此操作？

我正在努力从孩子列表中创建一棵纽维克树。我有一个列表列表，其中列表名称是父名称，列表元素是孩子。这是一个例子：

因此，我想要的输出是 newick 格式的 phylo 树，如下所示：

825(824(823(822(821(820(819,816,789(788),787,785(784),783(782)),777(776)))))

做这个的最好方式是什么？一种方法是编写一个深度遍历一阶并创建树的递归函数。但是在 R 中，递归被认为是不好的。

谢谢。