问题标签 [r-ape]
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r - 为什么共识树上没有分支长度？
使用ape::consensus分支长度制作共识树时会丢失。有没有办法不丢失分支长度？或者在制作完成后以某种方式将它们添加到共识树中。
r - 来自系统发育树的簇
我有一个系统发育树，它显示了基因以及它们如何聚集在一起。它是使用欧几里得距离矩阵和猿包绘制的。有关更多详细信息，这里是较早的链接。
这是我的数据（gg.txt），已转换为基因矩阵。
生成树的最终代码是：
我们可以看到形成了 4 个大集群。ALOX5、AR 和 ALPPL2 形成一个集群。ADRA1A、ADRA1B、ADRA1D、AGTR1 形成另一个集群。同样，还有 2 个集群。有没有办法把这些信息放在一个表格中，例如下面的？有没有可用的软件可以做到这一点？
我只显示了 20 行，但我有 21k 行，所以这是主要问题。
python - Python ete3 - 有没有办法拉伸系统发育树的分支？
我正在尝试阅读系统发育树并将其分支伸展到比原来更大或更小，但我没有找到如何。拉伸需要在树本身上 - 而不是在它的可视化上。
例如，以下代码读取一棵树并呈现它：
以下链接讨论了如何使用该库，但我没有找到我要查找的内容：
http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_trees.html
任何人都可以帮忙吗？
编辑：如果有其他 Python 库可以做到这一点，我很想听听是哪一个以及它是如何完成的。
Edit2：我知道在 R 中有一个名为“ape”的库，然后可以非常简单地做到这一点......也许使用它的人知道某些 python 库中的并行操作？
r - APE/Phangorn：如何包装尖端标签？
我正在使用ape::plot.phylo（通过phangorn::plotBS？）来绘制一些系统发育树。问题是小费标签很长，我想让它们以某种方式缠绕。我似乎无法在plot或plot.phylo/中找到任何选项plotBS来解决这个问题。
有什么想法可以让我tip.labels进行文本包装吗？
样本提示标签：“QER Echinodermata Asterozoa Asteroidea Forcipulatacea Forcipulatida Asteriidae Asterias Asterias.rubens UNID1”
r - 将批量 .newick 文件合并到一个 newick 文件中
我有大约 1000 个用于生物体不同分离物的 newick 文件。我想结合所有这些 newick 文件并为所有分离株构建一棵树以进行分析。
我尝试在 R 的 Ape 包中使用 tree.bind，但它一次只需要两个参数。有人可以建议如何在 R 中实现多棵树的绑定。
提前致谢！