0

我正在使用ape::plot.phylo（通过phangorn::plotBS？）来绘制一些系统发育树。问题是小费标签很长，我想让它们以某种方式缠绕。我似乎无法在plot或plot.phylo/中找到任何选项plotBS来解决这个问题。

有什么想法可以让我tip.labels进行文本包装吗？

样本提示标签：“QER Echinodermata Asterozoa Asteroidea Forcipulatacea Forcipulatida Asteriidae Asterias Asterias.rubens UNID1”

4

1 回答 1

1

最简单的解决方案确实是更改对象tip.label中的元素phylo。

## Making a tree with three tips of 20 characters each
tree <- rcoal(3, tip.label = replicate(3, paste(sample(letters, 20), collapse = "")))
## The tree tip labels
tree$tip.label
# [1] "thsdmrigufpykvlawqbz" "dlicefyjonmqugbptxzr" "adioznspgbkjqryelfum"

然后，您可以通过换行符 ( ) 将每个第 n 个字符换行\n，如下所示：

## Declaring the pattern and text to replace at a specific position
position <- 10
pattern <- paste0('^([a-z]{', position-1, '})([a-z]+)$')
text <- paste0('\\1', "\n", '\\2')
wrap_tips <- gsub(pattern, text, tree$tip.label)
wrap_tips
# [1] "thsdmrigu\nfpykvlawqbz" "dlicefyjo\nnmqugbptxzr" "adioznspg\nbkjqryelfum"

当然，您也可以用更简单的特定字符（如_或.）替换（例如）。\ngsub("_", "\\n", tree$tip.label)

然后，您可以创建树的副本并为其提供包装的提示标签：

## Duplicating the tree
tree_to_plot <- tree
## Changing the labels
tree_to_plot$tip.label <- wrap_tips
## Plotting the wrapped labels
plot(tree_to_plot)
于 2019-05-08T00:49:50.250 回答