问题标签 [phylogeny]

我想使用ape包在 R 中绘制两个彼此相对的系统发育。一棵树有 40 个节点，一棵树有 26 个节点：

该cophyloplot函数用指定的链接将这些面对面地绘制出来。

我无法指定链接。

请注意，在我的实际nexus树文件中，提示标签是文本（如果需要，我不确定如何将这些更改为数字......）。

链接应如下所示：

如果在tree1nexus 文件中，序列的尖端标签是 1-40。在tree2nexus 文件中，提示标签为 1-26。那么链接应该是：

（即序列 1 intree1与序列 14 in 链接tree2）

所以，我用这样的东西来绘制树：

并计算距离矩阵：

我不太确定我在哪里出错了。任何帮助，将不胜感激！

尽管neighborNets 相对流行，但我找不到以下问题的任何解决方案。在 R 中，我正在尝试绘制一个 neighborNet（使用包创建phangorn，对象类网络）。该包igraph用于绘制静态 2D 图形，因此每次我重新绘制图形时，布局都会更改/旋转（igraph显然是默认行为）。现在，如果我要绘制一个普通的 igraph，我只需保存布局，然后继续重复使用它：

但这不适用于当前的问题。plot.networx 的帮助文件确实提到了 igraph 和布局，但仅在“另见”部分中。手动创建 xy 坐标矩阵是行不通的（如此处所建议的），节点标签/节点提示的位置在邻居网上很重要。我试过

所以问题是，如何让它在

我正在尝试使用 Python 中的 ETE2 模块创建一棵树。我想将 1 个子节点添加到 2 个父节点，以便在显示树时它们都连接到子节点。我是 ETE 的新手，所以如果这是一个简单的问题，请原谅我。代码：

输出是

我从根本上反对这里的树的想法吗？ETE 是否有一种简单的（r）方法来执行我的建议？

如果您需要更多信息来帮助，请告诉我。

我想在 R 中修改系统发育树上的尖端标签。如何允许不同的尖端具有不同的符号？

我有一个过程，我想重复已知次数，但有一个问题。第一次迭代应该使用原始数据集，然后下一次应该使用第一次的结果，下一次使用第二次的结果，......

一些背景：数据集是 type phylo，所以循环append内的函数for对我来说没有意义。下面是实际代码：

我希望能够防止上述的硬编码，并以某种方式循环它以获取包含系统发育树的提示名称的给定列表以删除。

谢谢！

我正在尝试使用 ape 包中的 plot.phylo 命令为 R 中系统发育类型图的边缘（线）添加颜色。此示例适用于“扇形”类型图，但我希望该方法与“系统图类型”或其他方法相同。

将tip.color 选项与cutree 命令结合使用，根据一组组为提示（标签）添加颜色是没有问题的。

edge.color 选项定义边缘的颜色，但在需要多种颜色时不以登录方式定义。

但是，一旦树状图的该分支用于给定组，我希望边缘与终端尖端颜色相匹配。在给定的示例中，对于红色和蓝色组，第一级边缘将保持黑色（因为它朝向两个组：红色和蓝色），但超出此范围的边缘将与最终的尖端颜色相同。

我怀疑关键在于弄清楚 as.phylo 对象中 $edge 值的顺序，但我自己无法弄清楚。谢谢。

I am working on phylogenies by using Python libraries (Bio.Phylo and DendroPy).

I have to import 2 trees in Newick format (this is obviously not the difficult part) and join them together, more precisely I have to add one tree at one tip/leaf of another.

I have tried with add_child and new_child methods from DendroPy, but without success.

How would I solve this issue?

我尝试使用带有 Phylo.draw() 的 python 库 Biopython 将全长标签放入我的系统发育树中。

我导入我的 newick 文件格式，绘制它，然后保存它：

但问题是 Phylo.draw 将标签切割成 40 个字母。

我可以用这种组合显示全长标签：

我看到代码源，我阅读了文档，我没有找到这个函数如何切割长标签，或者如何用全长标签替换切割标签，我看到它们是选项label_func=str 或者branch_labels=None但我不知道如何用它。

您可以复制粘贴到文本文件中的数据进行测试：

编辑：评论后我编辑标题，将“png”替换为“svg”，隐藏轴并添加图片。

你好——我正在对蜥蜴数据进行系统发育分析。我已经将系统发育树导入到 R 中的“ape”包中。对于两个物种我缺少数据，所以我使用 drop.tip 函数将树数据与物种特征数据进行匹配：

但是，当我尝试运行系统发育 gls 时，我收到一条警告/错误消息。这是代码以及会发生什么：

我猜 gls 函数没有考虑到前面提到的 drop.tip 命令。有没有办法对此进行编码，以便 gls 将数据帧与树匹配，同时考虑缺少数据的两个物种？提前致谢。

我正在使用最大简约算法（猿库中的 pratchet() ）在 R 中执行引导分析。当我对无根树（使用 pratchet() 函数生成）运行分析时，引导运行良好。但是，当我想在找到引导程序支持之前对每个引导程序树进行根处理时，我在 100 棵树中随机生成根时会出错。请注意，这发生在调用任何用于计算二元分区或进化枝支持的代码之前。

如果我使用邻居加入算法（猿中的nj（）），那么在生根或下游引导中都没有问题，但显然它在使用外群生根基于简约的树时（随机）发生。我观察到的奇怪的事情是，如果我在生根之前将无根树写入文件（以防生根时发生错误），然后想要根植它们，它工作得很好。

这是我用来分析的代码。

这是堆栈跟踪和错误