r - “猿”系统发育 gls - 警告消息，数据与树的顺序不同

Question

你好——我正在对蜥蜴数据进行系统发育分析。我已经将系统发育树导入到 R 中的“ape”包中。对于两个物种我缺少数据，所以我使用 drop.tip 函数将树数据与物种特征数据进行匹配：

tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)

但是，当我尝试运行系统发育 gls 时，我收到一条警告/错误消息。这是代码以及会发生什么：

tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y,  X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY

Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
   Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree

我猜 gls 函数没有考虑到前面提到的 drop.tip 命令。有没有办法对此进行编码，以便 gls 将数据帧与树匹配，同时考虑缺少数据的两个物种？提前致谢。

Answer 1

阅读错误消息：它说您的数据框的行名与您的树的提示名称不匹配。这是因为您的数据框没有行名。您可以使用row.names(XY) <-并提供名称向量来设置行名称。