问题标签 [phylogeny]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - 使用 R 中的 Deprogram 用不同的颜色标记和着色每个样本名称
有人能帮助我吗？
我正在尝试使用以下代码使用 DNA 距离矩阵绘制树状图。一切似乎都很好，但我似乎无法让每个标本都有不同的颜色；我的距离矩阵的文件在以下链接中：
r - 我可以使用 .csv 文件形式的遗传距离在 R 中使用 ape 创建一棵树吗？
这是我第一次使用 R 进行系统发育学工作，我想知道我是否可以这样做。这似乎是一项相当微不足道的工作，我认为必须有一个非常小的代码，但我无法完成它。任何帮助表示赞赏！
python - 系统发育树着色
我已经在我拥有的酶序列上创建了一堆系统发育树。我有一个简单的格式，只显示分数，没有着色。现在我拥有的序列是限制性内切酶，它们每个都有一个motif. 我想为具有相似的酶分支着色motifs。我昨天大部分时间都在研究可以帮助我做到这一点的不同软件，但最终感到困惑。我想知道一个很好的工具，它可以以newick格式获取树，也可以获取alignment信息。并允许我根据类似的图案赋予颜色。
我遇到了这个工具：http ://etetoolkit.org/ ，但它需要大量的依赖库，而这些依赖库又具有依赖关系，很少或没有安装错误的文档。
我使用库中的Phylo类BioPython来开发树。我使用以下命令生成带有分数的树：
Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)
r - 系统发育节点的顺序
我正在使用语言系统发育在 R 中绘制一些图。我想在系统发育的终端节点之后绘制一排正方形并将它们着色以表示许多变量。
我已经创建了正方形，但是我无法按照正确的顺序为它们着色。
“phylo”对象按字母顺序对节点标签进行排序，但它们不是按字母顺序绘制的。有没有办法按照它们在系统发育上绘制的顺序（从上到下或从下到上）获取尖端标签的顺序？
谢谢，
山姆
python - 通过 dendroPy 向树中添加新节点
我想通过将节点动态添加到 DendroPy 中已经存在的树来创建树。所以这就是我的进展方式，
现在，这将创建一棵小树，其中有两个具有分类标签 8 和 3 的孩子。现在我想将一个新叶子添加到分类标签为 3 的节点。为此，我需要节点对象。
我想在那个时候使用 add child 函数，它是节点的一个属性。
但是，即使在我打印 t1 中的所有节点对象时添加了节点之后，它也会返回初始化它的唯一子节点 8 和 3。请帮助我了解如何在 dendropy 中的现有树中添加节点..
现在如果我们打印 t1 我们会看到树。但即使在添加元素之后，我也找不到添加的对象。例如，如果我们做一个
它没有返回与 5 相关的对象。
r - 使用 R 显示系统发育的离散字符数据
有谁知道我如何在系统发育提示上显示字符数据，以不同颜色的几何形状表示？
我正在寻找这样的东西：
http ://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0086231#pone-0086231-g003
我已经尝试了几个 R 包，但找不到一个简单的方法来做到这一点。
有任何想法吗？
谢谢！
r - 循环系统发育树上的节点标签
我正在尝试创建循环系统发育树。我有这部分代码：
这是结果：
此外，我正在尝试显示每个节点的标签并为分支着色。任何建议如何做到这一点？
谢谢！
r - 自举树值与 PAST 不同
当我在 RI 中计算自举树时，会得到与使用 PAST 时不同的值（http://folk.uio.no/ohammer/past/）。如何使两个程序的输出匹配？
这是我在 R 中所做的事情（数据如下）：
引导程序的典型输出是[1] 100 6 39 27 23 57 53 75 71，这里是情节（远 LHS 值应该是 100，它以某种方式被裁剪）：
我转换数据以将其发送到 PAST，如下所示：
在过去，我打开 tab.txt 文件，使用外群执行多元 -> 集群 -> 使用欧几里得和 100 次引导复制的邻居加入。从过去我得到这个情节：
而且价值观相差很大。我需要用 R 做什么才能使输出与过去的输出匹配？过去是错的吗？
数据：
r - 使用点将尖端标签链接到系统发育树并修复过度拥挤的尖端标签
我正在尝试使用 Rstudio 中的 ape 和 phytools 包进行祖先重建。我的问题是，在我的系统发育树中，尖端标签/物种名称过于拥挤且难以辨认。目前，我的树有 262 个物种的数据集。
可以在此处找到数据的示例关联文件。
到目前为止我制作的祖先重建树在这里：http: //i.imgur.com/WFoEu7S.png。
每个物种的字符状态为 0 或 1，并具有针对每个状态的节点和尖端标签。最终我想用它们各自的字符状态（我有红色或黑色）为分支着色。）
理想情况下，我希望在此处的此链接中生成类似于先前关于堆栈溢出的问题的非超度量树。
我已经尝试从这个链接为我自己的树实现 R 代码，但收效甚微。
下面是我在 R 中的代码。我仍在学习 R 并且不熟悉某些绘图方法，并怀疑这可能是这里的问题：
r - R - 克服“选择未定义的列”
编辑：现在回答，在下面找到更新的代码：
我正在使用 R 将一组系统发育树迭代到具有不同数量预测变量的各种数据集上。结果，我无法明确定义我的回归函数（仍在进行正确的实现）。
具体来说，我使用的是“caper”和“picante”包，我的注释代码如下（未完成）。有人可以就我做错的事情提供建议吗？我今天刚开始学习 R，但熟悉 java/python/windows batch 等。
我的错误发生在上面的代码行上。