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我正在尝试使用 Rstudio 中的 ape 和 phytools 包进行祖先重建。我的问题是，在我的系统发育树中，尖端标签/物种名称过于拥挤且难以辨认。目前，我的树有 262 个物种的数据集。

可以在此处找到数据的示例关联文件。

到目前为止我制作的祖先重建树在这里：http: //i.imgur.com/WFoEu7S.png。

每个物种的字符状态为 0 或 1，并具有针对每个状态的节点和尖端标签。最终我想用它们各自的字符状态（我有红色或黑色）为分支着色。）

理想情况下，我希望在此处的此链接中生成类似于先前关于堆栈溢出的问题的非超度量树。

我已经尝试从这个链接为我自己的树实现 R 代码，但收效甚微。

下面是我在 R 中的代码。我仍在学习 R 并且不熟悉某些绘图方法，并怀疑这可能是这里的问题：

tree = read.nexus("test_nexus")
dichot_tree = multi2di(tree) 

dichot_tree$edge.length<-runif(n=nrow(dichot_tree$edge),min=0,max=1)

dichot_tree$edge.length[dichot_tree$edge.length<1]<-1
domest = read.nexus.data("test_nexus")    

aceDISCRETE<-ace(as.numeric(domest), dichot_tree, type="discrete")

plot(dichot_tree, cex=0.5, label.offset=1, no.margin=TRUE)
tiplabels(pch=22, bg=as.numeric(domest),cex=1, adj=1)
nodelabels(pie=aceDISCRETE$lik.anc, piecol=c("black", "red"), cex=0.25)
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有几种可能的方法可以使提示标签更具可读性。首先，您可以减小字体大小（这将是绘图函数的 cex 参数）。其次，您使用的是 RStudio，看起来您目前的绘图区域是一个正方形。您可以调整不同的面板以使绘图区域成为一个非常高的矩形，当您绘制它时会扩展您的树。或者，您可以创建一个外部绘图区域（我使用windows()，您可以指定高度和宽度。）或者，在 RStudio 中保存绘图时，您应该能够更改输出高度/宽度/纵横比。你应该也可以在这里让它更高。

于 2015-03-11T22:55:28.347 回答