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我已经在我拥有的酶序列上创建了一堆系统发育树。我有一个简单的格式，只显示分数，没有着色。现在我拥有的序列是限制性内切酶，它们每个都有一个motif. 我想为具有相似的酶分支着色motifs。我昨天大部分时间都在研究可以帮助我做到这一点的不同软件，但最终感到困惑。我想知道一个很好的工具，它可以以newick格式获取树，也可以获取alignment信息。并允许我根据类似的图案赋予颜色。

我遇到了这个工具：http ://etetoolkit.org/ ，但它需要大量的依赖库，而这些依赖库又具有依赖关系，很少或没有安装错误的文档。

我使用库中的Phylo类BioPython来开发树。我使用以下命令生成带有分数的树：

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)

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FigTree ( http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ ) 是一个系统发育树查看器，允许自定义着色。

我不清楚你是如何知道哪种酶具有哪种基序。如果没有内置该信息，您可能需要在构建树之前注释每个序列，以便您可以在 FigTree 中搜索并按标签着色。

（请注意，如果您只想显示酶名称，没有主题，您仍然可以采用这种方法，然后手动编辑 .nwk 文件，保留颜色信息但去掉注释。）

于 2014-12-03T17:45:31.637 回答
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在 BioPython 中，为树枝着色的一种简单方法是设置 clade 属性color。例如，如果我想把名字在 list 中的所有叶子都涂成红色L，我可以写类似

for clade in tree.get_terminals():
    if clade.name in L:
        clade.color = 'red'

然后使用绘制这棵树Phylo.draw

于 2020-12-09T12:36:56.247 回答