问题标签 [phylogeny]

我不是程序员，甚至没有高级编程，所以请不要对我的问题生气：D

问题是我是一名生物学家，我刚刚开始学习一点编程（我必须这样做）。我试图使用这个站点dendropy/sumtrees中的描述通过 python安装。

我用

在 c 提示符下，我收到了消息：

有谁能够帮我？（使用您用于猴子的单词来理解量子物理学的基础知识......）提前谢谢你:)

使用 R 中的系统发育树，我想创建一个矩阵，指示树的每个分支（B1 到 B8）是否与每个物种（A 到 E）相关联，其中 1 表示分支相关联。（如下图）

R 函数 which.edge() 可用于识别物种的终端分支。但它不能识别与每个物种相关的所有分支。对于每个物种，我可以使用什么函数来识别树中从根部到尖端的所有分支？

示例树

这是我想创建的矩阵（物种 AE 作为列，分支 B1-B8 作为行），但功能简单，而不是手动创建。

例如，分支 B2 属于物种 BE，但不属于物种 A。对于物种 E，存在分支 B2、B6、B8。

哪个 R 函数最好？提前致谢！

我需要一个非常简单的循环，从 multiphylo 对象中获取每个系统发育树，并计算每棵树的 Ic 并将其放入数据框中。对不起，如果它这么简单，我是 R 新手，我想不通！

下面的代码模拟了一些系统发育树（这里是 100）。但是由于偶然的灭绝事件，一些树是NULL。我需要验证那些 NULL 树，将它们从输出对象中删除，然后从剩余的树中选择 N 棵树中的 x。

假设上面的代码返回 3 个 NULL，我需要（假设）从 100-3=97 个树中选择 50 个。它可以是前 50 棵树或其他。我不确定循环是否可以为我做到这一点。

谢谢你的帮助！

在这里，我有从 newick 格式绘制简单系统发育树的代码：

我正在“显示”正确的分支长度，但我希望所有分支都带有它。

编辑：我希望我的情节看起来像这样： 我正在搜索文档，但我找不到在 R 中显示分支长度的方法。我该怎么做？

我有一个植物数据集，其中包含有关每种植物物种（n = 550）成功或失败做某事的频率的信息，即成功次数和失败次数。该数据集还包含有关每个植物物种特征的数据，例如种子大小、竞争能力、最大扩散距离等。大多数解释变量是连续的，但一个是二元的（是否存在菌根）。通常，为了分析植物成功做某事的次数与其特征相关的程度，我猜你会以如下方式使用具有家庭二项式的 GLM：

然而，由于这些特征中的一些可能与植物的进化历史有关，我想考虑由此可能产生的偏差。因此，我想在我的模型中包含系统发育信息。当您有连续响应时，您可以使用 PGLS（caper 包），但出于我的目的，我想像上面这样的逻辑回归更合适。一种方法是使用 phylolm 包中的 phylloglm 函数。还有其他选择，但它们的共同点是它们要求您的响应是二进制变量。我的不是，但我可以为每个物种制作一个具有多个入口的二进制文件。但是，如果这样做，我很可能会遇到分析数据集中的行数远大于系统发育树中的提示数的问题！

简而言之，我需要一个系统发育逻辑回归，以两列变量作为响应（成功次数，失败次数），并且支持连续和分类解释变量。

我真的很感激任何帮助！

我正在尝试使用包 paleotree 来构建 LTT 图，但是当我尝试输入我的树时出现以下错误。

multiDiv(a) 中的错误：未知类型的数据

古工具是否只接受“multiphylo”类的对象？我将输入树转换为多门类，但它仍然给出相同的错误。任何人都可以建议如何去做吗？

尽管@jeremycg 帮助我开发了以下代码，但我再次发布此内容。它有效，但它的表现不是我想要的！快速提醒：我有一组树，我需要用一个称为 gamma 的因子来衡量，如果每棵树的值不在定义的范围内，它会重新调整，直到它的值在定义的范围内......让我们试试这个例子：

谢谢你！

我有一个在 R 上绘制的系统发育树。我想根据我的物种的顺序为我的尖端边缘着色。如何单独选择每个提示标签的颜色？我先试过：

但我不会在这个边缘的颜色上有任何变化。

谁能告诉我问题出在哪里？

我是 R 中的 MCMCglmm 包的新手，对 glm 模型一般来说是新手。我有一个物种特征的数据集，以及它们是否被引入到它们的原生范围之外。

我想测试是否可以通过任何物种特征来解释被引入（作为二进制 0/1 响应变量）。我还想纠正物种之间的系统发育。

有人告诉我，对于二元响应，我可以使用 family =“threshold”，并且我应该将残差方差固定为 1。但是我在使用先验所需的其他参数时遇到了一些问题。

我已经为随机效应指定了 R 值，但是如果我指定 RI 还必须指定 G，我不清楚如何确定该参数的值。我尝试使用默认值，但收到错误消息：

我已经阅读了帮助小插曲和课程，但没有找到具有二进制响应的示例，而且我不清楚如何确定先验的值。这是我到目前为止所拥有的：

任何帮助或反馈将不胜感激！