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我想使用 3 种不同的线宽在系统发育树上标记不同的分支。如何指定分支 2 的宽度 = 2，第 10 行的宽度 = 4，其余行的宽度 = 1？例如，bird.orders 数据集中有 88 个分支

这，显然没有做任何事情

谢谢！

我将此问题提交给 stat.stackexchange

https://stats.stackexchange.com/questions/147909/puzzling-average-of-correlated-measurements

但看起来它更适合该论坛，因为它可能更多的是计算问题而不是统计问题：

我想平均相关测量。给定一组测量值：

其内部相关性由协方差矩阵 C 给出。

Chi2 最小化导致以下平均值：

但是下面的例子让我很困惑：

让我们考虑以下树：

树.mod：

并在 R 中执行：

我很困惑，因为meanX = 2.5，这对应于高相关性的情况，而在那个例子中，协方差矩阵几乎是对角线，所以我期望meanX = 3。

我一定遗漏了什么，欢迎任何意见！谢谢

我正在尝试重建连续​​字符的祖先状态。当我使用 ape 包的 Ace 功能时，出现一条错误消息，内容如下：

nlm(function(p) dev.BM(p), p = c(1, rep(mean(x), nb.node)), hessian = TRUE) 中的错误：参数中缺少值另外：警告消息：在mean.default(x) ：参数不是数字或逻辑：返回 NA

这是我使用的代码：

当用于离散字符时，相同的数据集工作得很好。这是数据集数据 这是树文件treefile

还有其他包，尤其是 R 的ape，它们构建了一个无根树，然后允许您通过显式指定一个 outgroup来对其进行根。

相比之下，在 BioPython 中，我可以直接创建一个有根树而不指定根，所以我想知道根是如何确定的，例如从以下代码。

我在构建树之后在这里制作了序列，但尽管如此，这是一个从该过程构建的有根树。

我想使用另一个文件中的信息更改 phylip 文件中的名称。phylip 只是一串连续的信息，我想要更改的名称（例如aaaaaaabyd）嵌入其中。像这样

（没有新行）

里面的名字是一样的aaaaaaaabk。

另一个文件有信息更改，就像在另一个文件中一样，

我尝试了很多东西，但这是我得到的最接近的。问题是它只为一个人做，并没有打印出 phylip 文件的其余部分。我需要到达 ((Theileria parva:0.23400159127856412500 等。

我使用“sim.bd.taxa.age”创建了一个系统发育树。我只是想知道如何以 newick 格式导出树，因为目前它不是 phylo 对象！

我想知道是否可以同时在 MrBayes 中修复它们？

我看到一些关于修复树拓扑的先前帖子是首先定义树然后使用“固定”功能（假设我们已经定义了species_topology）

第一行固定树形拓扑，第二行定义移动到其他拓扑的概率为零。

我想知道我也可以做类似的事情来修复分支长度吗？就转移到分支长度的建议而言，我认为我们应该使用

但我不确定要输入什么：

提前致谢！我在 MrBayes 的邮件列表中搜索了很多帖子，但他们没有关于同时修复它们的问题。通常，他们只是修复拓扑。

在 R 中使用 ace 函数的 ARD 模型时出现错误。错误是

floating.pie.asp 中的错误（XX[i], YY[i], pie[i, ], radius = xrad[i], col = piecol）：floating.pie：x 值必须为非负数

那就是我得到错误的时候。如果我使用原始树而不修剪，则没有错误。但是，当我将它们修剪到我的要求时，它会变成负面的。

这是数据 树文件

数据文件

我有一组基于 DNA 序列比对和聚类的基因，我在 Newick 树表示中拥有这组基因（https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format）。有谁知道如何将此格式转换为 scipy.cluster.hierarchy.linkage 矩阵格式？来自链接矩阵的 scipy 文档：

返回一个 (n-1) x 4 矩阵 Z。在第 i 次迭代中，索引为 Z[i, 0] 和 Z[i, 1] 的簇组合在一起形成簇 n+i。索引小于 n 的集群对应于 n 个原始观测值之一。簇 Z[i, 0] 和 Z[i, 1] 之间的距离由 Z[i, 2] 给出。第四个值 Z[i, 3] 表示新形成的聚类中原始观测值的数量。

至少从 scipy 文档来看，他们对这个链接矩阵的结构的描述相当混乱。他们所说的“迭代”是什么意思？此外，这种表示如何跟踪哪些原始观测值在哪个集群中？

我想弄清楚如何进行这种转换，因为我项目中其他聚类分析的结果已经使用 scipy 表示完成，并且我一直将其用于绘图目的。

当使用 haploNet 包在单倍型网络上绘制一些图时，我使用了 Internet 上可用的脚本来执行此操作。不过我觉得有问题。该脚本以木鼠示例的形式提供。我使用的代码是：

但是，在绘制 ind.hap 时，您会注意到某些行不在正确的位置。你可以在这里看到这个：

您可以看到第 IX 行不在正确的位置。这不会有太大问题，但程序需要第 9 行来绘制 IX 的饼图，即 VIII 的数据。结果是这样的：（我无法插入图像，因为我的声誉低于 10...，无论如何您都可以通过执行整个文件来获得图像）

您可以看到，对于 V 直到 IX，它并不是应有的状态（这些是交换的行）。例如：IX 中只有 1 个单倍型，但有 2 个单倍型的饼图（两者都占图表的 50%），它是使用 VIII 数据生成的。由于行是按字母顺序而不是升序排序的，但这是包固有的，我不知道该怎么做。我远不是 R 的大师，所以尽量不要太抽象，而是提供代码。

如果有人非常了解这个包，请解释为什么在真实图表后面有这些奇怪的额外线条（上面有数字），因为它们在木鼠示例中不可见（可能是因为出了什么问题也？）

提前感谢