r - 在 plot.phylo 中指定具体分支的宽度

Question

我想使用 3 种不同的线宽在系统发育树上标记不同的分支。如何指定分支 2 的宽度 = 2，第 10 行的宽度 = 4，其余行的宽度 = 1？例如，bird.orders 数据集中有 88 个分支

data(bird.orders)
bird.orders@edge

这，显然没有做任何事情

plot(bird.orders, edge.width = c(bird.orders$edge[2]==2, bird.orders$edge[10]==4, bird.orders$edge[-c(2,10)]==1))

谢谢！

Answer 1

首先，您需要弄清楚边缘顺序，当设置参数方向时，它显然遵循以下plot.phylo()规则direction='leftwards'：

1. 向左走到最远的枝尖（叶子）
2. 然后向右走
3. 然后下去
4. 每次分支分裂，重复1到3

一旦获得边缘图，就必须为每个分支构建一个具有所需宽度的向量。Wector 位置与边缘位置匹配。使用此问题中的示例，此代码将使分支 1 到 5 的宽度 = 4，其余的将采用默认宽度 (1)：

plot(bird.orders, edge.width = c(4,4,4,4,4))