问题标签 [phylogeny]

我有系统发育和一些数据（特征值）。我已经使用acein重建了所有节点的特征值caper。

我曾经将重建的特征值与其适当的节点相关联makeNodeLabel。ape

我想要做的是从 R 中导出一个包含节点值（重构值）和尖端标签（经验数据）的关系文件（系统发育）。

我想使用颜色代码（在 FigTree 中）来指示值，但现在我只能用节点来做到这一点，即尖端分支没有数据，因此不是“可颜色编码的”。

为了做到这一点，我需要将值与提示相关联，但我无法弄清楚如何做到这一点。我还需要与系统发育相关的所有数据都属于“相似类别”，即类似于例如theta 值*BEAST在nexus 文件中的编码方式。

非常感谢任何和所有帮助。

有谁知道 R 中执行 MANOVA 同时控制系统发育非独立性的包或方法？

谢谢！

我正在尝试使用 bioperl 从 newick 树中删除一个节点。树文件包含以下数据：

（（（A：5，B：5）90：2，C：4）25：3，D：10）；

下面是代码：

输出：1；

所以 remove_Node 正在工作，但问题是当我打开树文件时，我发现节点仍然存在！...... 代码有什么问题？如何从树中删除节点？

提前致谢。

在 RI 中，我想制作一些图表，其中我使用彩色线条，如下例所示。也许我可以使用彼此相邻放置的不同线来做到这一点，但问题是很难使用正确的线宽，以便它们完全相邻放置，中间没有任何空白（因为 lwd 参数R 图形包中的行数不是绝对坐标）。是否有任何其他方法可以指定我想用两种或三种（或更多）不同颜色绘制一条线？（理想情况下，角落和线条封顶应该看起来不错）

干杯，汤姆

PS我正在研究的应用程序是能够绘制具有多态状态的系统发育，如下图所示

我在 Dendropy 中做一些系统发育学：我正在尝试按照教程，使用过滤器（lambda 函数）遍历树的所有叶子。

如果迭代器是 leaf_iter，则使用 lambda 函数会出错，但如果迭代器是任何其他迭代器（例如 postorder_node_iterate）则不会。我错过了什么？

回溯有几百行长，所以我只给你看一个摘录：

要测试这个问题，您可以使用以下代码，几乎取自教程：

我有一棵绝对分支长度以百万年为单位的系统发育树。如何计算值在 0 到 1 之间的距离矩阵？

我正在尝试将系统发育树排列到显示一组相关生物体的生理数据的图表上。有点像下图。这是从 2 个单独的图表中放在 powerpoint 中的。我想它可以完成工作，但我希望创建一个我认为更容易格式化成文档的图像。我可以使用 ggplot2 生成我想要的图形，并使用 ape 导入树。我在想应该有一种方法可以将树保存为图形对象，然后使用 gridExtra 中的 gridarrange 函数将其与图形一起排列。问题是猿不会让我将树保存为图形对象，例如，

只是绘制树，当你调用 p2 时，它只给出一个参数列表。我想知道是否有人有任何提示。

谢谢！

我有一个这样的列表列表

我想从它们中构建一个系统发育树。我写了一个这样的节点类（部分基于此代码）：

然后我尝试像这样构建我的树：

这适用于第一场比赛，但是当我从第二场比赛开始时，它会附加在树的末尾，而不是从顶部重新开始。我该怎么做？我尝试了一些搜索 ID 的变体，但无法正常工作。

我正在为系统发育广义线性模型的所有可能模型运行代码。我遇到的问题是为每个模型提取和保存 beta 系数。

我想将系数保存到矩阵中，其中列对应于特定变量，行对应于公式。出现问题是因为每个模型的变量都不同。因此，不能简单地将系数行绑定到矩阵。

下面的示例显示了我在问题上的解决方法：

所以我想每个系数都需要放入相应的单元格中，但我想不出一种快速有效的方法。

真正的分析将发生大约 30,000 次，因此任何有关效率的提示也将不胜感激。

编辑：例如，y ~ a + c 模型的输出需要采用以下形式

其中字母代表该模型的系数。下一个模型可能是 y ~ b + c ，然后将其添加到底部。所以结果现在看起来像

我对我的上一个问题有一个非常相似的疑问（将数据框转换为带有计数的矩阵）。同样，我的数据文件结构如下：

但现在我想创建一个结合三列计数的文件，或多或少像这样：

我的意思是，我需要做的是对数据进行新的排序，将第一列留给第二列的数据（现在看起来是有组织的），另外两列留给第三列的数据，最后是第一列的数据。

是否有可能再次使用 R 包“reshape2”来实现这一目标？也许使用“dcast”或“acast”？

目标是建立一个像示例中的第二个矩阵一样的矩阵，以便我可以使用这些数据运行PHYLOCOM 程序。

再次非常感谢！！！