我有系统发育和一些数据（特征值）。我已经使用acein重建了所有节点的特征值caper。
我曾经将重建的特征值与其适当的节点相关联makeNodeLabel。ape
我想要做的是从 R 中导出一个包含节点值（重构值）和尖端标签（经验数据）的关系文件（系统发育）。
我想使用颜色代码（在 FigTree 中）来指示值，但现在我只能用节点来做到这一点，即尖端分支没有数据，因此不是“可颜色编码的”。
为了做到这一点，我需要将值与提示相关联，但我无法弄清楚如何做到这一点。我还需要与系统发育相关的所有数据都属于“相似类别”，即类似于例如theta 值*BEAST在nexus 文件中的编码方式。
非常感谢任何和所有帮助。
我找到了一种解决方法：
从 R 中导出一棵树（关系格式），其中包含与节点关联的重构特征。在 FigTree 中打开并将“标签”特征定义为“特征”。从文本文件中导入提示注释，该文本文件在标题为“特征”的列中包含经验数据。然后将树从 FigTree 导出到带有 nexus-block 的新文件并包含注释。最后，从关系文件 (animal/organism[&Trait=2.35754]) 中的名称块中复制名称，并将名称与编码树中的名称交换。然后，您将通过 [&Trait=value] 为节点和提示编码特征值。现在您可以对整个树进行颜色编码，其中包括现在与系统发育提示相关的经验值。
Sooo，这是一种愚蠢的做法。如果有人有更好的方法，我很想听听。
您可以在 R 中尝试“phytools”包。可以执行“plotTree.wBars”功能。最好的祝愿。