r - R中的系统发育MANOVA？

Question

有谁知道 R 中执行 MANOVA 同时控制系统发育非独立性的包或方法？

谢谢！

Answer 1

sos包是你的朋友：

library('sos')
findFn('phylogenetic MANOVA')

看起来像geiger包，更精确地aov.phylo执行系统发育 ANOVA 或 MANOVA。

这是帮助中的一个示例：

library(geiger)
geo=get(data(geospiza))
dat=geo$dat
d1=dat[,1]
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6)))
names(grp)=rownames(dat)

## MANOVA
x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks")
Multivariate Analysis of Variance Table

Response: dat
          Df   Wilks approx-F num-Df den-Df   Pr(>F) Pr(phy)
group      1 0.27872   3.6229      5      7 0.061584   0.549
Residuals 11