r - R中系统发育图上的多色线

Question

在 RI 中，我想制作一些图表，其中我使用彩色线条，如下例所示。也许我可以使用彼此相邻放置的不同线来做到这一点，但问题是很难使用正确的线宽，以便它们完全相邻放置，中间没有任何空白（因为 lwd 参数R 图形包中的行数不是绝对坐标）。是否有任何其他方法可以指定我想用两种或三种（或更多）不同颜色绘制一条线？（理想情况下，角落和线条封顶应该看起来不错）

干杯，汤姆

PS我正在研究的应用程序是能够绘制具有多态状态的系统发育，如下图所示

Answer 1

根据我从 的帮助中收集到的信息par，lwd参数因设备而异。因为x11它声明“由 par(lwd =) 控制的线宽是 1/96 英寸的倍数”。根据定义lwd，我需要将此宽度转换为图形的 x 和 y 单位，以便正确偏移以下行。

所以现在我让你的线条能够转弯 - 仍然需要对线条进行一些调整，以使它们都以相同的长度结束（例如，从系列中的最后一个值中减去偏移量）。

例子：

x <- c(1:10, rep(1, 10))
y <- c(rep(1, 10), 1:10)
lwd <- 20

x11() #lwd is multiples of 1/96 inches (from help info)

plot(y ~ x, t="l", lend=2, ljoin=2, lwd=lwd, col=3, xlim=c(0,11), ylim=c(0,11))

x.units.per.inch <- (par("usr")[2] - par("usr")[1]) / par("pin")[1]
y.units.per.inch <- (par("usr")[4] - par("usr")[3]) / par("pin")[2]

x.offset <- x.units.per.inch * 1/96 * lwd
y.offset <- y.units.per.inch * 1/96 * lwd

lines(x + x.offset, y + y.offset, lend=2, ljoin=2, lwd=lwd, col=2)
lines(x - x.offset, y - y.offset, lend=2, ljoin=2, lwd=lwd, col=4)