r - 使用 R 显示系统发育的离散字符数据

Question

有谁知道我如何在系统发育提示上显示字符数据，以不同颜色的几何形状表示？
我正在寻找这样的东西：
http ://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0086231#pone-0086231-g003

我已经尝试了几个 R 包，但找不到一个简单的方法来做到这一点。
有任何想法吗？
谢谢！

Answer 1

经过一番努力，我设法做到了。实际上，这并不难，但确切的细节取决于您的数据。
基本上，我使用了 ape 包，以此为模板：

data(bird.orders)
plot(bird.orders, "c", FALSE, font = 1, label.offset = 3,
     x.lim = 31, no.margin = TRUE)
tiplabels(pch = 23, bg = gray(1:23/23), cex = 2, adj = 1.4)
tiplabels(pch = 22, col = c("yellow", "red", "blue"), adj = 2.5, cex = 2)

bg 可以采用与您的特征数据相对应的颜色向量，例如 c(1,1,0,0,0,1,...)
对我来说效果很好。