问题标签 [phyloseq]

这是我如何分离数据集中前 10 个订单以绘制相对丰度的代码。我怎样才能将前 10 个订单 +第 11 组称为其他人的剩余数据包含在内，以使我的堆叠条填充到 100%？

order.sum = tapply(taxa_sums(relabun), tax_table(relabun)[, "Order"], sum, na.rm=TRUE) top10orders = names(sort(order.sum, TRUE))[1:10] ps2 = prune_taxa((tax_table(relabun)[, "Order"] %in% top10orders), relabun) ps_top10orders <- tax_glom(ps2,taxrank = "Order") ps_top10orders<-transform_sample_counts(ps_top10orders,function(x) x / sum(x)) ps_top10orders<-psmelt(ps_top10orders) ps_top10orders<-arrange(ps_top10orders,Order)

我想将我的 y 轴设置为对数刻度，以使可视化更具可读性。

在这样做之前，我的数据看起来正确显示。没有对数刻度

当我将其更改为 y 轴上的对数刻度时，我收到以下错误消息：

最重要的是，我的情节规模完全不成比例。

改造后

我有所有样品的相对丰度 (X)。我还为特定属 (Y) 采用了该总体的子集分类单元。我现在如何测量 X 中 Y 的相对丰度？

ps<-phyloseq(ASV,TAX,mapfile,tree) relabun<-transform_sample_counts(ps,function(x) x / sum(x)) ps_genusP <- subset_taxa(ps, Genus == "D_5__Flavisolibacter" | Genus == "D_5__Halomonas"| Genus == "D_5__Thiobacillus"| Genus == "D_5__Sphingomonas"| Genus == "D_5__Bacillus" | Genus == "D_5__uncultured Acidobacterium sp." | Genus == "D_5__Bradyrhizobium"| Genus == "D_5__Ohtaekwangia"| Genus =="D_5__Steroidobacter")

如何找到 ps（总群落）中 ps_genusP 属的相对丰度？

谢谢

设置：R 版本 4.0.5（2021-03-31）-“摇晃和扔”平台：x86_64-pc-linux-gnu（64 位）Ubuntu 16.04

问题：无法安装 phylosmith 软件包。命令：devtools::install_github('schuyler-smith/phylosmith', lib = "/home/dunfield/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/")

输出：

附加信息：我看过其他类似问题的帖子，但未定义符号不同。我相信这个错误是特定于我给定的未定义符号（_ZN3tbb10interface58internal9task_base7destroyERNS_4taskE），但我不确定这与它有什么关系或如何解决它。

我尝试过更改库并直接从 .tar.gz 文件安装它。我有 GDAL 版本 2.2.2，我认为它也是我唯一的安装。

我什至尝试在完成安装之前复制 finsihed 文件夹，并将其粘贴到库中。包文件夹看起来很完整。然后，当我运行命令时library(phylosmith)，我得到输出：

我还按照指示事先运行了 linux 命令：

我使用终端命令apt install libtbb-dev和 R 中的 TBB 包安装了 TBB devtools::install_package("jjallaire/TBB")。即使在重新启动 Linux 和 RStudio 后，也没有尝试更改错误输出。

在这一点上，我知道它必须与 .so 文件中包含 tbb 的符号有关。任何帮助故障排除将不胜感激！

我目前在qiime2R 中遇到了一些麻烦。我正在关注教程并被困在这里：

unwunifrac <- read_qza("unweighted_unifrac_pcoa_results.qza")

这是因为我的 sampleid 在我的元数据和香农向量中称为 sampleid，但在未加权的 unifrac qza 文件中称为 SampleID。

有没有人遇到过这个问题？我该如何解决？最好重命名列吗？

任何帮助将非常感激。

非常感谢

这是我想做的一个工作示例。

如上面的函数所示，我想以编程方式指定“Species”和“setosa”并将它们组合起来形成一个表达式。那行得通。

但是，这似乎不适用于我正在使用的另一个包。

该函数的行为是否不同或我做错了什么？

R 4.0.2
phyloseq_1.34.0

我想在构面网格内创建一个带有分组的堆叠条形图。我的数据如下所示：

我已经使用以下代码使用facet_grid 创建了他的堆叠条形图：

现在我想将每个样本的条重新组织到 facet_grid 中的相应主题，以获得更好的概览。例如，使用上面的示例，样本 3 和样本 4 属于受试者 1，应将样本 7 和样本 8 归为同一方面的受试者 2 中的“非病变”方面。

我尝试了几次，但没有弄清楚如何实现这一点。

我正在尝试从 phyloseq 对象的两个条件之间的 Beta 多样性箱线图生成箱线图。

我有一个由 vegdist fonction 生成的 Morisita-horn 距离：

现在我有一个矩阵，我想在两个条件下创建一个 Morisita-horn 指数的平均距离箱线图，如下图所示。

在此处输入图像描述

我想用 ggplot 做一个简单的箱线图，但因为它是矩阵而不是数据框，所以我做不到。

任何帮助或建议都将受到欢迎。

我正在尝试从 phyloseq 对象生成稀疏曲线图。我正在使用 vegan 包中的稀有曲线函数 ggrare ：

函数稀有曲线允许绘制所有样本，但我不能按元数据变量对样本进行分组

这是我的稀疏曲线图代码

阴谋：

这给了我根据 cluster_3a 变量具有不同颜色的所有样本的曲线。

但是，我只想绘制 2 条曲线，它们是每组的平均物种丰富度和标准误差条。

像来自：

https://doi.org/10.1038/srep08397

我在 R 中找不到任何允许对样本进行分组以绘制稀疏曲线的包。

你知道任何包或任何想法可以做到这一点吗？

我获得了一个 distance.class 表，其中样本相互比较以计算索引。结果，每个值都被复制，并且发生自我比较。请参见下面的示例表：

我已经删除了自我比较（sample1 vs sample1 等）但我不知道如何删除冗余值（即表的上半部分）。所需的输出是如下表，然后我可以将其融合到 data.frame 中来构建绘图。这些样本也是我想用来构建图的特定类型。