我正在尝试从 phyloseq 对象生成稀疏曲线图。我正在使用 vegan 包中的稀有曲线函数 ggrare ：
函数稀有曲线允许绘制所有样本，但我不能按元数据变量对样本进行分组
这是我的稀疏曲线图代码
pRare <- ggrare(epi_physeq_3.5ans, step = 100,color = "cluster_3a", label = "cluster_3a")
plot(pRare)
#epi_physeq_3.5ans : phyloseq object
#cluster_3a : metadata variable
阴谋：
这给了我根据 cluster_3a 变量具有不同颜色的所有样本的曲线。
但是，我只想绘制 2 条曲线，它们是每组的平均物种丰富度和标准误差条。
像来自：
https://doi.org/10.1038/srep08397
我在 R 中找不到任何允许对样本进行分组以绘制稀疏曲线的包。
你知道任何包或任何想法可以做到这一点吗？