问题标签 [phyloseq]

第一次在这里提问。我无法在其他帖子中找到这个问题的答案（爱 stackexchange，顺便说一句）。

无论如何......我正在通过 vegan 包创建一个稀疏曲线，我得到一个非常混乱的图，在图的底部有一个非常厚的黑条，它掩盖了一些低多样性的样本线。理想情况下，我想用我的所有线（169；我可以将其减少到 144）生成一个图，但制作一个复合图，按样本年份着色并为每个池塘制作不同类型的线（即：2 个样本年份： 2016、2017 和 3 个池塘：1、2、5）。我使用 phyloseq 创建了一个包含所有数据的对象，然后将我的 OTU 丰度表从我的元数据中分离为不同的对象（jt = OTU 表和 sampledata = 元数据）。我当前的代码：

在此处输入图像描述

我是 R 新手，所以我无法为您制作示例数据框，对此我深表歉意。但是，我正在做细菌群落分析，我有一个表格，其中每一列都有物种，每一行都有每个样本。每列是每个物种的标识符。数据框中是每个样本的物种丰度。我的目标是为每个样本（行）确定最丰富的物种（列）。我认为制作具有最丰富物种列标识符的样本（行）的数据框将是最有用的！我尝试过的迭代（使用 phyloseq 包，但可以在没有这个包的情况下使用）。

任何帮助，将不胜感激！谢谢！

我创建了我的第一个函数，我为自己感到非常自豪，但我正在努力让它变得更好。它通过一个丰度表，识别每一行中最丰富的列，然后给我一个与另一个数据表相关的列的名称，这是通过使用 phyloseq 包创建的对象完成的。

这给了我

为了使它更有用，我想准确地告诉它我想要哪个分类单元级别，并吐出另一个表，上面有分类法，数据框中有适当的丰度，并且为数据框中标识的每一行确定了最丰富的分类单元. 如上图所示。

我已经确定了问题出现的地方。我已经尝试过“is.name”、“as.name”、“taxa”（它真的不喜欢）和其他一些迭代。本质上，我想将“taxa”参数转换为变量字符串，并使用与“taxa”参数相同的列来标识另一个表中的列。即：find.top.taxa(top.pdy, "Class")和/或find.top.taxa(top.pdy, "Genus")

我正在尝试使用以下命令创建一个包含 OTU 表、分类群名称、样本数据和系统发育树的 phyloseq 类对象

我可以创建刚刚找到的 ps 对象，但我无法将系统发育树添加到该对象。这似乎失败了，因为我的 OTU 表和树（从 SILVA 数据库下载）上的名称不匹配。使用分类名称，我可以看到树按预期分配了分类名称，但我的 OTU 表具有每个序列读取的名称。

OTU 表（seqtab.nochim）、分类分配和示例数据都是完全按照dada2 管道教程制作的，到目前为止我所阅读的所有内容都表明OTU 表将序列作为列是正常的名字。

我很困惑，因为我的分类群对象已经为每个序列读取分配了从王国到属的分类，但是我看不到使用这些分配与系统发育树匹配的方法，而不是从 OTU 表中读取的序列。

我敢肯定，我缺少的可能是一些简单而明显的东西，但是非常感谢您提供任何帮助！

在制作了我的数据框并选择了我想要查看的变量之后，我面临着两难境地。充当我的数据源的 excel 表被不同的人使用，记录相同类型的数据。

如您所见，由于数据的写入方式不同，主要组（Redwine、Whitewine 和 Water）现在已拆分为 undergroups。我如何将下组组合成一个组合组，例如。red+Red+RedWine -> 总酒量。我对这种数据集使用 phyloseq 包

我在变量“Wine_type”下组合了不同的值，这意味着相同

进入

通过使用此代码

然后我通过代码生成一个图

唯一的问题是我得到了一个旧值的情节。我缺少什么来使用新的 group together 值？

我在我正在处理的特定系统上安装生物导体包时遇到了一些麻烦。这是一个通过 anacondas 运行 R 的 ubuntu 系统conda install r-essential。我正在尝试安装一堆软件包。目前我在安装phyloseq. 我试图安装它

此时它会安装一堆依赖项，然后以非零退出状态失败。如果我再次运行它，我会收到错误消息。

这向我表明“nlme”是一个未满足的依赖项，但我认为 biocLite 应该只安装依赖项，尤其是当我将它们设置为dependencies = TRUE. 我可以nlme使用. 有没有办法让 R 像在其他系统上一样安装所有依赖项？install.packages('nlme')mgcv

很好奇我在这里做错了什么。谢谢。很高兴根据需要添加更多信息。

我正在尝试使用 vegan 包和函数“ordiellipse”将 95% 置信椭圆添加到 NMDS 图，并不断收到相同的错误消息。任命看起来像这样：

我尝试使用的椭圆代码是：

执行此操作时，我不断收到一条错误消息，提示“cov.wt(X, W) 中的错误：'x' 必须仅包含有限值”，我不知道为什么。数据中没有 NA 或缺失值，并且排序工作正常。我只能猜测它与样本权重有关吗？但我不确定。任何帮助都将不胜感激。

谢谢！

我有以下数据框（从 phyloseq 包中的 tax_table 对象转换而来）。

我怎样才能删除属性？

我想在我的条形图边缘删除这些线。我正在使用 phyloseq 库。这是我的代码，我尝试将颜色/颜色/颜色更改为“NA”，结果相同。我只是不喜欢那个细小的黑色轮廓。