r - 如何删除非常细的条形图轮廓/边框

Question

我想在我的条形图边缘删除这些线。我正在使用 phyloseq 库。这是我的代码，我尝试将颜色/颜色/颜色更改为“NA”，结果相同。我只是不喜欢那个细小的黑色轮廓。

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

Answer 1

您的问题出在plot_bar()包的功能中phyloseq- 内部是黑色的边框。你可以用额外的参数来创建你的函数 -border_color或者没有它。

plot_bar_2 <-  function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, facet_grid = NULL, border_color = NA) 
{
  mdf = psmelt(physeq)
  p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
  p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack",  color = border_color)
  p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
  if (!is.null(facet_grid)) {
    p <- p + facet_grid(facet_grid)
  }
  if (!is.null(title)) {
    p <- p + ggtitle(title)
  }
  return(p)
}

并打电话

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

或者如果你愿意，可以使用任何其他边框颜色

p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum", border_color = "red")