问题标签 [phyloseq]

熔化phyloseq数据以便于绘制需要很长时间， df = psmelt(pseq)因此我想将创建的dfdata.frame 保存到磁盘，以便在发生任何崩溃时更快地恢复。使用save(df,file="filename.Rda")创建应该由df = load("finename.Rda").

str(df)返回'data.frame': 1294700 obs. of 23 variables:...

在出现在“值”而不是“数据”之后df = load("filename.Rda") 并且df很小。

如何正确加载保存的数据，保留其结构等？？？

最好的问候， 马辛

我有一个我想在 R 中创建的函数，如下所示：

我得到了错误：

问题似乎与 Rank == Taxa 部分有关。如果我像这样从函数中删除它：

该功能正常工作。数据集是一个 S4 对象，仅适用于 phyloseq 包。“等级”基本上是一组从王国到物种的向量。不知道你会怎么称呼它。这可能发生的任何原因？谢谢你，山姆

我怎样才能整齐而轻松地生成一个 out_table。我用cutree()一个hclust()对象对组进行了分类。我的样本是饮食协议。在我otu_table的研究中，饮食应该是样本，分类群应该是群体。

例子

如您所见，在饮食协议中，某些食物的名称与basedata.frame 中的名称不同。饮食协议中还有一些食物在base. 我希望otu_table看起来像这样

因此otu_table，对各组中有多少种食物进行分类。在现实生活中，我有很多饮食方案和很多组，所以我不能像上面的例子那样手动完成。

嗨朋友们，我正在使用 Phyloseq 包来分析 16S 宏基因组数据。我想制作一个堆叠的条形图，y 轴有丰富，x 轴有样本。我有 10 个样品，其中 4 个早，6 个晚。我怎样才能在条形图中安排。我的意思是前四个控制条，接下来的六个是肥胖的。我试过重新排序功能。但发现重新排序仅适用于数值而不是非数字的“ealy”和“late”值。这是我的代码：

这是我打印时的输出mdata_class

这是我打印的时候map

这是我的图片链接

谢谢和问候， DC7

我在更改行名时遇到了此警告消息：

谁能帮我解决这个警告消息/错误？

谢谢和问候， DC7

我的 OTU 表和 TAX 表有一个 Phyloseq 对象。我想创建一个条形图，例如在家庭级别，但属于同一门的家庭将以相同的颜色显示，并通过这种颜色的渐变来区分。

最终结果应该与此类似：

我使用将我的 phyloseq 对象转换为数据框psmelt()，并尝试调整这篇文章中的代码：Stacked barplot with color gradients for each bar

但我目前无法创建正确的图表。

Erreur : 手动刻度中的值不足。需要 395 个，但只提供了 334 个。

预先感谢您的任何帮助 ！

编辑：这里是数据的输入

编辑2：我们走在好的路上

因此，您的代码在颜色方面似乎工作得很好，但我对条形图的值（每个家庭的百分比）有一些疑问。

我使用以下代码绘制了数据的比例条形图：

并获得了这个：

如果我理解得很好，使用您的方法，大部分门和栏的高度应该是“其他”。我对我的数据做了同样的事情，我清楚地看到了 Phylum 比例丰度的差异。

我暂时不知道发生了什么……

我正在尝试使用以下代码编写排列分析的输出，但它显示错误，您能否建议我如何解决此错误？

非常感谢

我在使用 ggplot2 绘制 phyloseq 对象的 beta 多样性时遇到错误，您能否建议我如何解决这个问题？

非常感谢

我在 R 中使用 plot_bar 函数来说明来自 phyloseq 类的一些数据。我想为我的情节添加一些不同的颜色，这里是 RColorBrewer 包中的配对调色板。由于某些原因，这些条最终仍然具有它们周围的默认颜色。在这里你可以看到它的样子：https : //imgur.com/a/VSBvwtk 有什么办法可以摆脱它们吗？

我正在尝试更改绘图内的文本标签大小（不是轴，而是标签注释）

我正在使用 phyloseq 对象，但我认为这并不重要。这是代码和输出。有什么建议么？

带有太小的标签注释的排序图