我使用示例数据和我自己的数据遵循此处描述的工作流程https://f1000research.com/articles/5-1492/v2 。这很好用，但现在我无法生成包含诸如“OTU00004”之类的标头甚至更好的“kingdom_phylum_..._Pseudomonas_OTU00004”之类的标头的 OTU 表。我想使用这样的表格来查找和绘制某个 OTU 在多个样本中的丰度。

我创建了一个名为 ps 的对象，这似乎没问题：

但 OTU 表中的标题和分类表中的相应行是实际（此处缩短）序列

有没有办法结合来自 otu 表和分类表的信息，并用编号的 OTU id 替换序列？我检查了几个 phyloseq 资源和常见问题解答，但我找不到答案。

我想要一张像这样的桌子：

由于此步骤之前的工作流程非常耗时，因此我不确定如何为该问题提供可重现的示例。

编辑：我按照 dww 的建议生成了一个示例子集。

如何在 RSHINY 中将 NULL 作为变量值传递？

在 phyloseq 中有一个称为 plot_net 的图。最基本的 plot_net 绘图代码如下所示：

我正在尝试创建一个允许用户更改此图形的 RShiny 应用程序。

point_label 有几个不同的选项（例如：“SecTech”、“SampleID”、NULL）。

我已经有了这个标签的所有其他值，我只是不确定如何添加 NULL。

这是我所做的：

这可能无法运行，因为它不在闪亮的应用程序中，但我将其作为示例来说明问题。

这条线是我的问题：

选择 = c(a, "NA" = NULL)

如何将 NULL 添加到我的选择列表中。无论我如何尝试，NULL 始终被视为零值，它不会作为选项出现。

如果我将 NULL 写为“NULL”，则 phyloseq 函数 plot_net 不会接受它。它只接受值 point_label = NULL 表示没有值。

我认为可以创建一个 if...else 循环，如果用户在 checkboxInput 上单击 NULL，则该图将由第二行代码生成，指定 point_label 中的值为 NULL，但这可能是真的如果有多个变量具有可能的 NULL 值，则很麻烦。

可能有一些明显的技巧，比如在 NULL 值前面放置一个 $ 或 % 但我找不到它。如果有人可以提供帮助，那就太好了！

基本上我有一些我正在处理的图表，它们是按组划分的（有四个）。X 轴是样本，但您可以看到我的组仍然显示来自其他组的空白样本。有没有办法改变这个？我在下面发布了我的代码。任何帮助，将不胜感激！谢谢！

我正在使用 Phyloseq 库在 RShiny 上构建应用程序，并且代码开始变得难以管理。我看到了其他代码示例，其中程序员喜欢Joey711 source来自其他文件的代码。

这是一个例子：

我当前的代码位于两个大型服务器和 ui 文件中，我不知道如何分解它。

仅仅将代码分成多个文件会破坏程序，但它可以一起工作。有没有人有办法分解 R 中的大型代码库？Global.R文件是否允许您在应用程序中调用多个代码文件？

我正在尝试在 ggplot 中绘制我的 phyloseq/deseq2 数据输出（y 上的 Log2FoldChange 和 x 上的物种名称），我希望能够通过自养和异养以及最大最小值对它们进行排序。我在分类文件中添加了一个名为“Trophic”的列。

分类文件片段

管道将 phyloseq 对象转换为 deseq 对象，这就是 Log2FoldChange 的用武之地。

deseq 输出片段

然后将它们结合起来，这就是我正在使用的。（如果您需要更多，这里是教程）

我有这段代码，我认为它按从最高到最低的 Log2FoldChange 排序物种，并得出这样的图表。

但是，我不完全确定如何修改它以便让它们首先按营养状态分类，然后按物种分类，然后按原样绘制。

我基本上希望能够拥有同一个图的两个“边”（自动然后异类），两者都从 Log2FoldChange 的最大值到最小值排序。

谁能帮我解决这个问题？

我有一个通过列名的循环，它返回一个变量字符。我想在需要函数的参数中使用该变量。

不工作

作品

不工作

下面的问题突出了 str 引用不是函数中的 r 对象的问题。Phyloseq_to_deseq2 需要 phyloseq 包。如何在需要参数中的函数的函数中使用变量？

R：在函数参数中为一般（通用）使用的函数指定变量名

我将解释最终目标，以及我首先要尝试的测试。（因为我可能会走错路。）

我正在使用 phyloseq 包来可视化微生物组数据。我想通过让用户选择分析级别并让我的脚本在没有人手动输入每个组合的情况下生成可视化来在一定程度上“自动化”它。

问题是将变量传递给子集函数。我主要得到这些错误（取决于我尝试过的 paste0、eval、parse、as.logical、expression、noquote 等的组合）：

用户将设置分析级别。所以让我们说现在有两个级别，自动选择第二个级别意味着您也想要第一个级别。（我还没有从事那部分工作，但我想提前解释一下。

从这里开始，脚本最终会到达绘图部分。如果 lin_level 设置为 1，它将如下所示：

但是，尝试将 (substring(lin_select,4)) == king_list 作为参数传递会导致错误。

我已经搜索了有关此问题的各种线程，但无法获得不同的答案。最终，我需要为 Kingdom 运行一次绘图部分，然后每次为 Phylum 列表中的每个项目运行一次。但在我到达那里之前，我需要能够将参数传递给子集函数。

我尝试过的事情：

还有很多其他的排列试图替代不同的东西，但你明白了。

我是 R 新手。我有想要转换为 Phyloseq 的 uBiome 数据（csv 格式）。一直在尝试使用这个名为Actino的 R 包，但每当我使用该actino::experiment_to_phyloseq()函数时，都会"Error: Each row of output must be identified by a unique combination of keys"出现。还"Keys are shared for 2956 rows"与行对列表一起说。

我有两个文件：csv 文件 ( taxannotation.csv) 和 mapfile ( mapfile.csv)。我的csv 文件包含 ssr、tax_name、tax_rank、count 和 percent 列。

地图文件在第一列包含类似于 csv 文件中的 ssrs 以及其他属性。

我使用代码
taxannotation.ps<-experiment_to_phyloseq(taxannotation,mapfile)

虽然我的 csv 文件中的 ssrs 在不同的行中重复，但我相信其他列（例如 tax_name、tax_rank、count 和 percent）都为每一行提供了不同的标识。

已经尝试寻找答案，但从未真正找到有用或有用的答案。

尝试安装 bioconductor（用于安装 phyloseq 包）时，我收到几条警告和错误消息

几天前我得到了一个新的硬盘驱动器，所以我不得不重新安装所有程序，包括 R 以及我通常需要的所有软件包。在我尝试使用 bioconductor 之前，一切都很好。

我正在使用之前为我制定的推荐代码： source(' http://bioconductor.org/biocLite.R ') biocLite('phyloseq')

我得到的错误信息是：

使用 Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0)、R 3.6.0 (2019-04-26)。安装路径不可写，无法更新包：集群，nlme 更新包'bipartite'警告：无法访问存储库索引 https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6：
无法打开网址' https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES

那么显然有几个问题？

1. 由于错误的 libpath 和
2. R 无法打开生物导体

感谢您的建议！

当我尝试对我的相异矩阵进行 betadisper 时，我得到了标题中的错误。在查看我的环境时，它清楚地显示“dist”。

as.dist() 没有帮助

我希望得到与此类似的结果，但具有其他值：

方差表分析

响应：距离 Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Groups 5 0.021037 0.0042074 1.5524 0.252 Residuals 11 0.029813 0.0027103

错误信息：

betadisper 中的错误（dissimilarity_matrix ~ Group）：距离“d”必须是“dist”对象