问题标签 [phyloseq]

我有理由相信两个序列 V4 16SrRNA 的样本名称被交换了。在我的情况下，thay 是 otu_table 的 row.names。

由于我已经有了 phyloseq 对象，如何更改这些名称以对应真实序列？

提前谢谢克里斯蒂娜·保罗

我的问题是我在 R 工作室有一张像上面这样的桌子。我想通过在新表中组合 Phylum 列中的相似表并在执行此操作时添加 Abundance 列来编写此表，但我找不到方法。样本输出；

你能帮我找到允许我输出上述内容的代码吗？从现在开始谢谢你。

我很难理解为什么我的 phylo 树（从 QIIME2 作为 phyloseq 对象导入）在phylosig(). 我正在尝试计算我的 16S 数据集与单个连续元数据变量相比的系统发育信号。所有示例数据集都包含在此问题的底部。

我的树phylo从一个完整的 phyloseq 对象中分离出来phylo <- phy_tree(physeq = physeq)并确认了分支长度：

A太大dput()而phylo无法包含，所以希望我提供的内容就足够了。任何帮助表示赞赏。

我有一个 for 循环来遍历大量微生物组数据（使用phyloseq）并为多个实验生成图。

示例结果：

我想要做的是将所有“_unclassified”样本/测序数据设为灰色......所以也许我需要某种带有str_contains的if语句？

如果需要，很高兴提供一个可重现的示例，但有人可能有一个简单的解决方案。

谢谢！

我不知道在哪里插入什么！

Phyloseq 对象在门级别聚合

我正在努力将元数据附加到 phylo4d 树。首先我会说我可以将我的对象作为 Dropbox 文件附加，但如果我只是误解了逻辑，我会节省自己和每个人的时间。

我从 phyloseq 对象开始，然后提取 phylo 树。我删除了节点标签，因为一些与提示标签重叠。

我发生的错误如下，我收到了我之前的回答。我知道我必须附上上面的元数据（即sample_data），但我很挣扎。

任何帮助是极大的赞赏！

使用 计算相对丰度phyloseq。

我想为每个样本创建一个图而不使用merge_samples.

这是我的代码：

ps0

phyloseq-class 实验级对象

otu_table() OTU 表：[5 个分类单元和 18 个样本]

sample_data() 样本数据：[ 2 个样本变量的 18 个样本]

tax_table() 分类表：[ 7 个分类等级的 5 个分类群]

如何绘制每个样本的图ps0？

我有一个 phyloseq 对象ps，并且从这个数据集中，我试图使用R 包的bf_ratiobtools函数获取每个样本的拟杆菌门/硬壁菌门比率。

排名名称不是 Domain、Phylum 等：

作为参考，otu_table 和 tax_table 的行名如下：

等等。

我必须首先将 Rank2 重命名为 Phylum：

但我收到以下错误：

我已经尝试过rownames(ps@tax_table@.Data)< make.names(names(ps@tax_table@.Data))，rownames(ps@otu_table@.Data)<-make.names(names(ps@otu_table@.Data))但收到以下错误：

我该如何解决这个问题？

我正在尝试对相对丰度 >= 35% 并且属于分组内 >= 70% 的样本的分类群进行子集化（或过滤？）（在我的情况下，它是我的数据中的“集群”的数量）。

是否有关于如何执行此操作的简单代码行？我已经开始用这行代码做到这一点

我无法弄清楚如何应用此过滤步骤来查看这些分类群是否属于 >= 70% 的样本。也许在分组中使用这样的东西？

我的 sample_data 文件中有一个名为“cluster”的列，其中包含 8 个已定义的集群。也许我想多了，但我希望这是有道理的。谢谢！

编辑** 我在 R 版本 4.1.2 中使用 MacOS Monterey 12.2.1 执行此操作。这是我的数据的一个子集：

这是我的数据的一个子集。我无法在图像中放置“集群”列。每个样本属于 1 个集群。

我一直在努力解决phyCorrelogram()包装问题phylobase。在过去的一个月里，我收到了无数的错误，我又回到了第一个错误。（耶）我非常感谢任何帮助。

phyloseq 对象physeq可在此处获得：https ://www.dropbox.com/s/6o0kbvnbq632v9j/physeq.rds?dl=0 以获取可重现的示例。

我从包中的 phylo 对象开始，phyloseq我的第一个目标是确保我的树不包含 NA，并且格式是数字且没有缺失值。

我的第二个目标是组织相关的元数据。以下代码通过将分类信息 (tax_table) 转换为矩阵来解决先前的错误。

我的第三个目标是将我的 phylo 树转换为一个phylo4d对象，然后添加我的元数据和分类信息。

最后，我尝试phyloCorrelogram()

这给我带来了错误：

这是我一个月前开始工作时收到的第一个错误。假设我上面的代码解决了所有以前的错误，但很明显我从根本上误解了这个过程。TIA。