r - Phyloseq：在 otu_table 中交换 row.names

Question

我有理由相信两个序列 V4 16SrRNA 的样本名称被交换了。在我的情况下，thay 是 otu_table 的 row.names。

由于我已经有了 phyloseq 对象，如何更改这些名称以对应真实序列？

提前谢谢克里斯蒂娜·保罗

Answer 1

这是一种解决方法，但您可以将元数据映射与您的样本正确方向合并到 phyloseq 中。您可以在 excel 中制作元数据映射，其中文件的名称是第一列（第一列没有标签），您希望与这些文件对应的样本名称是第二列（图中标有 Sample_Name 的列） . 如果需要，您可以在不同的列中添加有关样品的其他信息。然后，您将在 excel 中将其另存为 .txt 文件。

将其保存为.txt文件后，您可以将地图导入 R 中，如下所示：

map <-import_qiime_sample_data("~/Path_to_your_metadata_map/Metadata_Map.txt")

然后您可以将您的地图与您的phyloseq对象合并：

new_phyloseq_object <- merge_phyloseq(old_phyloseq_object, map)

然后，如果您以后需要制作任何条形图或其他图形，您可以调用Sample_Name您创建的列。像这样：

bar_plot <- plot_bar(new_phyloseq_object, x="Sample_Name", fill="Genus")