dplyr - 使用 R studio 编辑表格

Question

门	丰富
拟杆菌门	12
厚壁菌门	4
变形菌门	3
厚壁菌门	21
厚壁菌门	9
拟杆菌门	15
变形菌门	3
拟杆菌门	8
疣微菌	2
拟杆菌门	5

我的问题是我在 R 工作室有一张像上面这样的桌子。我想通过在新表中组合 Phylum 列中的相似表并在执行此操作时添加 Abundance 列来编写此表，但我找不到方法。样本输出；

门	丰富
厚壁菌门	34
拟杆菌门	40
变形菌门	6
疣微菌	2

你能帮我找到允许我输出上述内容的代码吗？从现在开始谢谢你。

Answer 1

df <- data.frame(Phylum = c("Bacteroidetes","Firmicutes","Proteobacteria","Firmicutes","Firmicutes","Bacteroidetes","Proteobacteria","Bacteroidetes","Verrucomicrobia","Bacteroidetes"),
                 Abundance = c(12,4,3,21,9,15,3,8,2,5))


df

           Phylum Abundance
1    Bacteroidetes        12
2       Firmicutes         4
3   Proteobacteria         3
4       Firmicutes        21
5       Firmicutes         9
6    Bacteroidetes        15
7   Proteobacteria         3
8    Bacteroidetes         8
9  Verrucomicrobia         2
10   Bacteroidetes         5

aggregate(Abundance~.,df,FUN=sum)

输出：

     Phylum Abundance
1   Bacteroidetes        40
2      Firmicutes        34
3  Proteobacteria         6
4 Verrucomicrobia         2

Answer 2

您可以使用 dplyr

library(dplyr)
df <- data.frame(Phylum = c("Bacteroidetes","Firmicutes","Proteobacteria","Firmicutes","Firmicutes","Bacteroidetes","Proteobacteria","Bacteroidetes","Verrucomicrobia","Bacteroidetes"),
                 Abundance = c(12,4,3,21,9,15,3,8,2,5))

df %>% 
  group_by(Phylum) %>% 
  summarize(Abundance = sum(Abundance)) %>% 
  ungroup()