我正在尝试对相对丰度 >= 35% 并且属于分组内 >= 70% 的样本的分类群进行子集化（或过滤？）（在我的情况下，它是我的数据中的“集群”的数量）。
是否有关于如何执行此操作的简单代码行？我已经开始用这行代码做到这一点
subset <- filter_taxa(phyloseq_object, function (x) sum (x) > 0.35, TRUE)
我无法弄清楚如何应用此过滤步骤来查看这些分类群是否属于 >= 70% 的样本。也许在分组中使用这样的东西？
prevalenceThreshold = 0.70 * nsamples(phyloseq_object)
我的 sample_data 文件中有一个名为“cluster”的列，其中包含 8 个已定义的集群。也许我想多了，但我希望这是有道理的。谢谢！
编辑** 我在 R 版本 4.1.2 中使用 MacOS Monterey 12.2.1 执行此操作。这是我的数据的一个子集：
