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我使用了 2 种方法来尝试在 R-Studio 中生成基于 Unifrac 的 PCoA 图。它们看起来彼此相似，但与 QIIME 生成的截然不同。由于各种原因，我们的实验室希望能够在 R 中正确生成这些图。我可以让基于 Bray-Curtis 的图看起来与在 QIIME 中生成的图相似，所以我相信这个问题与系统发育树或Unifrac 值的生成方式。我试过使用

和

我目前正在使用在 QIIME 中生成的根树，以及在 QIIME 中生成的 OTU。知道为什么这两个图与 QIIME 生成的图有很大不同吗？我是否错过了一些我需要对价值观做出的不那么明显的调整？还是我需要对树做点什么？

另外，值得注意的是，我不是生成 QIIME PCoA 的人，所以我对那里所做的事情知之甚少。

我正在研究肠道微生物群数据。我想执行一个双标图，显示我的两种肠型和主要的 OTU，解释我的两种肠型之间的差异。

类似于：从https://doi.org/10.1038/srep08397在此处输入图像描述

我正在使用包 ade4 来绘制肠型，这给了我一个很好的情节，但我找不到如何添加 OTU 加载

我的脚本：

这段代码给了我这个情节：在此处输入图像描述

我还使用 vegan 包中的 envfit 函数运行以下代码，它允许我绘制 OTU，但生成的图不像上面使用 ade4 包中的 s.class 函数那样令人愉快。

在此处查看结果：在此处输入图像描述

我想知道是否有人已经使用 ade4 包绘制了 biplot 并且能够为 OTU 添加箭头。如果是，任何提示将不胜感激

我需要绘制样本分类丰度的热图。我已经毫无问题地创建了我的 phyloseq 对象，但是在尝试生成热图时出现错误：

“phyloseqin.species”是我的phyloseq-class实验级对象

我的 OTU 表中自然有一些 NA。

当我跑

我收到此错误：

这个错误是因为我没有一棵树作为我的 phyloseq 对象的一部分吗？

预先感谢您的帮助！

我正在尝试创建一个 for 循环来分析具有不同子集的大型 phyloseq 对象。我试图为每次迭代调用每个列表对象的名称，以便我可以使用不同的名称保存结果。

制作 phyloseq 对象列表

当我这样称呼时：

伟大的。

所以我继续我的 for 循环：

它l完美地用于下游分析，因为

但它不叫名字。

谢谢！

我正在尝试使用 phyloseq 对象（包含 OTU、TAX 和元数据）制作多个堆叠的条形图，其中条形图上的分类群顺序保持不变，但在每个图表上，特定分类群是彩色的，而其余的是灰色的。我使用简单的数据框编写了粗略的代码草稿，但我不确定如何将其应用于 phyloseq 对象。

这是我想出的代码：

样本数据：

就像我说的那样，我已经写了上面的代码来处理一个简单的数据框，但我想把它用到我的 phyloseq 工作流程中。

提前致谢！

*编辑：使用最小的示例数据框进行了更新，并更新了代码以与所述 df 一起使用

我很难理解为什么legend.horizontal不旋转我的图例轴所以它不垂直显示？任何帮助将不胜感激。

我正在努力获得使用 ANCOM 分析微生物群的有意义的输出。

输出样本：

phloseq 对象已定义，我已将其用于其他分析并过滤掉，但“状态”中的组应该是“控制”和 PNS”，对于治疗，它们应该是“无”、“CS”、“AB”， ..和“Time.Point”应该是“之前”和“之后”。

我如何获得实际告诉我“无”和“AB”之间比较的结果，而不是治疗1和治疗2？我不知道 Treatment1 映射到什么。

我有一个箱线图（见下文），我想根据指定的调色板按变量着色。我不确定如何为它们着色，因为代码基于 Phyloseq 包。我试过aes()了plot_richness，但它似乎只适用于geom_boxplot().

如何按自定义调色板的顺序填充箱线图？

提前致谢。

我正在尝试使用plot_ordinate函数制作 NDMS 图，但phyloseq我不断收到此错误。它以前对我有用。这是我的代码。

input$map_loaded 中的错误：未为此 S4 类定义 $ 运算符；

我收到此反馈后plot_ordination

我有一个名为“共享”的 phyloseq 对象

我正在尝试从两种样本类型之间共享 ASV 的交互中创建一个新的 phyoloseq 对象。

基本上，我想要这个维恩图绿色部分的 phyloseq 对象。

维恩图。

我从“MicEco”包中制作了这个情节，但还没有找到从中获得兴趣的方法。