0

我正在努力获得使用 ANCOM 分析微生物群的有意义的输出。

out = ancombc(phyloseq = excluded_data1, formula = "Status + Treatment + Time.Point", 
              p_adj_method = "holm", zero_cut = 0.90, lib_cut = 1000, 
              group = "Status", struc_zero = TRUE, neg_lb = TRUE, tol = 1e-5, 
              max_iter = 100, conserve = TRUE, alpha = 0.05, global = TRUE)

res = out$res

输出样本：

                            Status1   Treatment1   Treatment2   Treatment3  Time.Point1
k__Bacteria_unclassified 0.49200069 8.931600e-02 0.5338123768 0.0307919322 3.292303e-01
p__Actinobacteria        0.54382567 4.067132e-01 0.6620561010 0.5197614388 4.106100e-01
p__Bacteroidetes         0.78646572 7.563807e-01 0.6033916623 0.2611763630 4.565237e-01
p__Deferribacteres       0.60055702 5.411246e-01 0.9101333145 0.1253524369 5.853835e-01

phloseq 对象已定义，我已将其用于其他分析并过滤掉，但“状态”中的组应该是“控制”和 PNS”，对于治疗，它们应该是“无”、“CS”、“AB”， ..和“Time.Point”应该是“之前”和“之后”。

我如何获得实际告诉我“无”和“AB”之间比较的结果，而不是治疗1和治疗2？我不知道 Treatment1 映射到什么。

4

0 回答 0