问题标签 [biplot]

R我在w/中看到了本教程autoplot。他们绘制了载荷和载荷标签：

https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html

我更喜欢Python 3w/matplotlib, scikit-learn, and pandas进行数据分析。但是，我不知道如何添加这些？

你如何绘制这些向量 w/ matplotlib？

我一直在阅读Recovering features names of Explained_variance_ratio_ in PCA with sklearn但还没有弄清楚

这是我如何绘制它Python

R我是典型情节的忠实粉丝。今天我要做一个biplot，但典型biplot的都是丑陋的。有没有办法让它更漂亮，画椭圆等，而不使用其他包？

如果不可能，我怎样才能把它画成经典的 R 图？

结果：

期望的结果（在 PAST3 中制作）

我正在尝试创建一系列关于森林不同层（树冠和林下）昆虫丰度的 PCA 双图。我正在使用 rda() 函数执行此操作。为了创建情节，我使用了 vegan 的biplot()函数并对其进行了一些修改：

结果非常好：

但是因为我会将几个双图连接到一个更大的图表中，所以家庭的标签（通常称为“物种标签”）太小了。我尝试使用cex=1.5in更改它们biplot()，但它似乎被函数的默认值覆盖。当我通过设置创建一个空的双标图框时type=c("none", "none")，我可以使用该函数添加更大的物种标签text()，例如

但后来我不知道如何将箭头添加到情节中（我真的很想把箭头放在那里......）。

有人知道这种情况的解决方案吗？非常感谢答案。

我通常使用该函数执行主成分分析，并使用（或仅使用提取）prcomp以一种奇特的方式绘制结果。ggbiplotggplot2pca.obj$x

像这样：

但是，现在我面临具有一定数量 NA 的数据，并且我正在使用pcaMethodspca包中的包装函数，应用该方法（一种能够处理少量缺失值的迭代方法）。nipals

pca返回 class 的对象pcaRes，并ggbiplot返回以下错误：

ggbiplot(pca.obj2) 中的错误：需要类 prcomp、princomp、PCA 或 lda 的对象

我的问题是：

如何应用ggbiplot到pcaRes对象？

如何将此对象转换为prcomp对象？

我可以使用另一个函数而不是ggbiplot接受一个pcaRes对象来获得相同类型的绘图吗？

我应该用变量的平均值替换 NA 值并prcomp像往常一样应用函数吗？

非常感谢！

通过 R (USarrests) 提供的示例，我想问是否有人可以告诉我自动绘图中的缩放会导致什么？我熟悉 Borcard 等人中描述的距离和相关双图。（2011）。自动绘图功能使双标图更好，但我找不到您如何使用该函数简单地区分距离和相关类型双标图。

我可以使用自动绘图简单地绘制距离（缩放 = 1）吗？

I am a newbie with python and found this excellent PCA biplot suggestion (Plot PCA loadings and loading in biplot in sklearn (like R's autoplot)). Now I tried to add a legend to the plot for the different targets. But the command plt.legend() doesn't work.

Is there an easy way to do it? As an example, the iris data with the biplot code from the link above.

Any suggestions for PCA biplots are welcome! Also other codes, if the adding of the legend is easier in another way!

我试图将我的双标图的两个轴完全等比例缩放（即，垂直轴上的 1 厘米必须代表水平轴上的相同 1 厘米）。我怎么能用 fviz_pca 做到这一点？还是有一些更好的 pca 包？

我的代码

我正在使用如下代码所示的autoplot函数，使用. 这个例子只有三个变量（因此有 3 个负载），但我的数据集有更多变量，所以我希望我可以减小箭头的大小以使绘图更具可读性。我认为默认大小是 1 pt，我想把它降低到 0.5 左右。尽管有修改加载颜色和标签大小的参数，但我找不到调整箭头粗细的方法。有谁知道该怎么做？ggfortifyiris.pca

我正在使用pls包装中的 PLS 回归研究感官数据和化学测量之间的相关性。最终，我想在相关加载图中显示结果，如下例所示。到目前为止，我设法用 X 和 Y 相关矩阵制作了图，但我还没有想出一种方法来将观察结果投影到图上。

例如，我使用包中的oliveoil数据集pls。我计算了相关负载（使用此处描述的方法）并使用创建了相关图ggplot2（这可以使用plsdepot包以简单的方式完成，但我喜欢多功能性ggplot）：

如上例所示，如何将单个观察结果投影到该图？是否应该对分数进行缩放以使其适合相关负载量表（从 -1 到 1）？这在科学上是否可以接受？

我正在使用该autoplot函数制作 PCA 双图。就我而言，我想增加点笔画以提高情节的可读性。我怎样才能做到这一点？

这是一个例子：