问题标签 [ggfortify]

我正在尝试使用from package重现以下stats::biplot情节。ggplot2::autoplotggfortify R

这是我ggplot2::autoplot的包中的代码ggfortify R及其输出。

问题

1. 为什么两个情节不同？如何重现基础情节？
2. 如何添加基本图中所示的标签？

我正在尝试使用 ggfortify 来可视化我使用 prcomp 所做的 PCA 的结果。

示例代码：

错误：自动绘图不支持 prcomp 类型的对象。请改用 qplot() 或 ggplot()。

奇怪的是，autoplot 是专门为处理 prcomp 的结果而设计的——ggplot 和 qplot 不能处理这样的对象。我正在运行 R 版本 3.2，刚刚从 github 下载了 ggfortify。

谁能解释这个消息？

我正在尝试更改stl分解图的构面标签，如下所示：

该图源自ggfortify 包。我希望将构面标签更改为：

我试图进入一个ggplot（很多str'ing）的结构，并发现以下存储这些名称：

但是，当我就地更改此因素时。我得到四个空地块，然后是正确的地块：

如何更改构面标签而不使这些空图位于顶部？

我有一个数据结构，我想为其提供简单的 ggplot 能力。

通常你只需data.frame通过提供一个fortify通用方法将其转换为 a，但在这种情况下，这将是巨大的，因为我的数据是四维的 (n×n×v×v)。非常适合 ggplotx和y美学的是该矩阵的第 2 维和第 3 维，我们称它们v1为v2.

如果v1和v2已知，则剩下的点矩阵可以有效地转换为坐标和值的 3×n×n 矩阵，即最终x的y和colour美学。

所以我想实现的是打电话

和 ggplot 在内部做（使用 aes 信息）

首先我想说我是 R 的新手，尤其是这个网站的新手，所以如果有必要在这里澄清任何事情，请告诉我！我还不太了解所有内容，因此请随时“低调”。

问题：我想创建描述两组（在本例中为物种）的 PCA 图。我还想在它们周围绘制椭圆或框架。

谢天谢地，我已经使用 ggplot2 完成了这项任务！但是，我无法更改超出默认值的点或椭圆/框架的颜色。

你能在这件事上提供一些帮助吗？

请看下面的示例代码，这只是PCA示例中经常使用的传统鸢尾花数据集。

从包生成的双图的加载比例stats::biplot和ggplot2::autoplot从ggfortify R包生成的加载比例不同。我怎样才能为从包装stats::biplot中产生的双图获得相同的载荷比例？ggplot2::autoplotggfortify R

我的目标是将 ggagplot 包含到乳胶文件中。这是在 R 中创建绘图的代码：

这是我在乳胶中包含情节的方式：

在 RStudio 中，绘图看起来像预期的那样，但是，在我使用上述乳胶代码创建的最终 pdf 中，绘图上的所有数据点都消失了。我只能看到 9 个空白面。当我通过“导出”和“另存为 pdf”使用 RStudio 导出图形时，它可以完美运行。请帮我！

使用 ggfortify，如果我绘制一个时间序列，我可以设置线条颜色如下：

我可以在一张图中绘制两个 ts 对象：

但是如何设置例如第一个 ts 'blue' 和第二个 'red' 的线条颜色？在第二个示例中， ts.colour 根本不起作用。

编辑：这是一个工作示例

我的目标是绘制这个由特定列着色的shapefile 。

它包含 100 个多边形。我申请fortify()并加入一些缺失的列

调用后fortify()，每个条目存在五次。（见“订单”）。

调用str()“data.df”：

这是由 介绍的fortify()。但是，只要我根据匹配列 (= perc_ch.y) 加入缺少的列，它就不会改变绘图结果。如果我在没有匹配索引 (=perc_ch.x) 的情况下添加缺失的列，由于为多边形分配了错误的值，我会因为冗余条目而遇到麻烦。

我没有看到这种复制效果的原因？

我想使用autoplot()package的功能来绘制 PC2 和 PC3 的图ggfortify。默认只显示 PC1 和 PC2：

我可以通过重新排序和重命名 prcomp 对象中的列来得到我想要的：

我知道这是正确的，因为它与plot(myPCA$x[, c(2,3)]).

但是必须有一种更清洁的方法来解决它。一些想法？