问题标签 [ggfortify]

我一直在努力重新调整 ggplot2/ggfortify PCA 中的载荷（箭头）长度。我已经四处寻找答案，我发现的唯一信息要么编写新的 biplot 函数，要么参考其他完全不同的 PCA 包（ggbiplot，factoextra），这两者都没有解决我想回答的问题：

是否可以在 ggfortify 中缩放/更改 PCA 负载的大小？

下面是我必须使用股票 R 函数绘制 PCA 的代码，以及使用 autoplot/ggfortify 绘制 PCA 的代码。您会注意到，在股票 R 图中，我可以通过简单地乘以标量（此处为 *20）来缩放负载，这样我的箭头就不会在 PCA 图的中间狭窄。使用自动绘图...不是那么多。我错过了什么？如有必要，我会转到另一个包，但我真的很想更好地了解 ggfortify。

在我发现的其他网站上，图表轴限制似乎从未超过 +/- 2。我的图表变为 +/- 20，并且负载稳定地位于 0 附近，大概与具有较小轴的图表具有相同的比例。我仍然想使用 ggplot2 绘制 PCA，但如果 ggfortify 不这样做，那么我需要找到另一个包。

数据来自我正在学习的课程的在线文件，所以如果你安装了 ggplot2 和 ggfortify 包，你可以复制它。下图。

我希望ggplot看起来像的R图

ggplot 实际上看起来像什么

编辑：在下面添加可重现的代码。

我有一个与 R 相关的问题：我试图将 R 中的一组每日时间序列商品数据与包一起绘制ggplot2到ggfortify矩阵中。我试图在每个 y 轴上设置标准化值，在 x 轴上设置日期 1/1/2007、1/1/2008 ...。视觉概念应如下所示：

有谁知道这是如何工作的？

HttpContextHelper.cs 中的方法 set_UserActiveEnvironments() 将不可序列化的对象存储为第 47 行的 HttpSessionState 属性，这会损害应用程序的可靠性

默认情况下，ASP.NET 服务器将 HttpSessionState 对象、其属性和它们引用的任何对象存储在内存中。此模型将活动会话状态限制为单个机器的系统内存可以容纳的状态。为了在这些限制之外扩展容量，服务器经常被配置为持久会话状态信息，这既扩展了容量又允许跨多台机器进行复制以提高整体性能。为了保持其会话状态，服务器必须序列化 HttpSessionState 对象，这要求存储在其中的所有对象都是可序列化的。

为什么它显示为一个漏洞，我该如何修复它？

目的是删除由ggfortify和生成的图中的特定点ggplot2。

让我们使用 package 中著名的iris数据集ggfortify：

如何从图中删除数字 23、14 和 52？

我制作了一个 PCA 图，其中我根据各种基因的表达绘制了许多细胞。在这个情节中，我想用单独的颜色为一些点着色。我试图通过创建“组”来实现这一点，在其中我根据细胞的表达或缺乏“gene1”的表达对细胞进行分类。

这是我的数据框的外观（gene1、gene2 和 cell_1、cell_2 等是 colnames 和 rownames）：

这是我用来尝试实现此目的的代码：

当我运行此代码时，我收到以下错误：

我希望能够调整加载标签的位置，使它们不会落在箭头之上。但是，我不知道需要在哪里进行调整。可geom_text用于调整站点位置的位置，但我找不到向量的存储位置str(g)。

我已经查看ggplot2::theme并检查了 的帮助文档autoplot，但找不到任何关于调整标签位置的提及。如果可以根据箭头的矢量进行调整，则可以加分，但可以接受静态调整。

目前，情节如下所示：

以下代码工作正常：

但是ggfortify::autoplot，ggfortify:::autoplot并没有按预期工作。请参阅下面的错误代码：

错误：“autoplot”不是从“命名空间：ggfortify”导出的对象

获取错误（名称，envir = asNamespace（pkg），继承 = FALSE）：
找不到对象'autoplot'

想知道我在这里缺少什么。提前感谢您的帮助。

我正在尝试ggbiplot从ggfortify包中使用。它似乎工作正常，但我收到如下警告消息，

我有没有采取任何错误的步骤，或者它是一个错误。

嗨，我正在 R 中运行一个 ggfortify 包，它允许在 R 中自定义时间序列图。

请参阅链接https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/basics.html。

链接显示了绘图上颜色变化的示例：

在我的代码中，我已经为 ggfortify 安装了打包并加载了库，但是当我键入它时它不会显示这个 ts.colour 函数。

我的代码：

与上面类似，但以黑色显示，样式应包括背景，但在绘图颜色或厚度方面没有区别。

非常感谢。

我正在尝试按照此处的说明使用 ggfortify 可视化一些 PCA 结果https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html。

这是我的数据集：

autoplot()我可以使用和lfda()使用以下代码绘制结果：

cluster但是我在使用该库时遇到了以下错误消息：

错误消息是：

该cluster软件包与我的其他数据集之一一起使用，所以我猜测这个特定数据集本身可能有问题（比如不幸的数值）......？我一直无法弄清楚这些消息的含义或如何自行修复它们......任何帮助将不胜感激！

非常感谢！