问题标签 [ggfortify]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - ggfortify 无法加载 - U_FILE_ACCESS_ERROR

我正在尝试运行 ggfortify 并收到以下错误:

错误:inDL(x, > as.logical(local), as.logical(now), ...) 中的“ggfortify”的包或命名空间加载失败:ICU 初始化失败:> U_FILE_ACCESS_ERROR

  • 我完成了 RStudio 和 RTools 的全新安装。
  • 我安装了 GGplot 和 GGfortify - 包括它们的依赖项
  • 我还尝试通过 `update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE) 更新软件包

我认为路径有问题,或者存在所需的依赖项,但不是列出的依赖项的一部分。

我在网上阅读了各种类似问题的主题,但没有成功。

非常感谢

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r - ggBiplot PCA - 改变因子颜色和位置

我在 ggBiplot 中运行了一个 PCA,它看起来很棒,除了因子名称重叠并且我无法更改因子名称和箭头的颜色 - 如图所示。它们是情节本身上的栗色箭头和相关标签。

在此处输入图像描述

到目前为止,代码非常简单,但在生成情节方面很有效。我尝试使用排斥功能但没有成功。我给我们做了 ggfortify 并让 repel 功能在那里工作,但更愿意使用 ggbiplot。问题似乎是在 ggbiplot 中,这些因素被称为“varname”,而不是被称为加载标签

作为参考,这里是 ggfortiy 的代码

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r - autoplot.survfit 应该适用于多阶段分层吗?


我相信我在 ggfortify 中发现了一个错误,但我想在向开发人员发送请求之前由专家运行它。这是可能的错误:
当调用 autoplot.survfit 绘制一个 survfit 对象(来自“survival”包)时,只要有多层分层就会出错。
这是一个代表:

这是我认为正在发生的事情:函数 autoplot.survfit 调用 fortify.survfit 来处理 survfit 对象。fortify.survfit 的第 33-34 行(来自 getS3method("fortify", "survfit") 的行号)读取:

survfit.formula 函数对两个分层变量的默认分层命名为"var1=value1,var2=value2". 此gsub调用将子字符串替换"var1=value1,var2="为空字符串。这会导致地层"var1=0,var2=0""var1=1,var2=0"都减少到"0"。这会导致 groupID 的值重复,这意味着它levels不是factor.

这是预期/不受支持的行为吗?我应该提交错误报告吗?

谢谢,
凯伦

PS。改用names(survCurve$strata)冒号是一个简单的解决方法。我不是在寻找解决方案,我只是在问我是否应该向开发人员报告这个问题。

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r - 使用 plot() 函数或 autoplot 绘制带有自定义 x 轴标签的 stl 对象

我正在尝试自定义 stl 分解图的 x 轴。我的代码顺序是:

  1. 我有一个矩阵,其中包含索引、每个月的月底和观察到的幅度

矩阵样本

日期 震级
1 2018-02-28 8088
2 2018-03-31 10830
3 2018-04-30 10772

等等等等。

  1. 创建时间序列对象及其分解
  1. 这是我发现难题的地方:

    • 如果我使用plot()

我得到了情节,但日期是十进制格式。

情节看起来就像我想要的那样,但我一直在努力改变 x 轴标签,但没有成功。

  • 而,如果我使用autoplot()

它允许我自定义日期标签,但绘图的其余部分具有与 plot() 不同的线型。但是,因为是余数,所以我认为最好将线型保持为广告垂直线。

该图具有我想要的 x 轴标签,但其余图的线类型错误

那么,如果使用绘图,我如何自定义 x 轴标签,或者如果使用自动绘图,我该如何更改绘图类型。

在众多方法中,我尝试过该方法axis(1, xaxp = date),但“参数 xaxp 有错误的一面”。有什么建议吗?

预先感谢。

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r - 在 R 中使用 ggplot2 将点添加到折线图

我有数据,我将其命名为“mytransaction.plot”

这里的图表: 在此处输入图像描述

这是我的其他数据,我将其命名为“mytransaction.dot”。

问题是,我如何将来自 mytransaction.dot 的交易数据添加到来自 mytransaction.plot 的图表中,但使用 ggplot2 使用 Dot Appearance。结果将是:

在此处输入图像描述

非常感谢你!!!

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r - 2 个生存函数,1 个左截断,1 个不截断。如何在 R 中创建在截断区间内假设相同经验的生存函数?

我有两个生存功能,一个没有被截断,所以我有所有时间段的经验。另一个在 t = 4 之前被左截断,因此在 t > 4 之前它没有经验。我可以使用生存包在 R 中的以下代码中将两者一起绘制。

如果两个函数在截断期间都经历过相同的生存经历,我想展示它们之间的生存差异 - 即直到 t = 4。我已经手动绘制了我想要实现的近似图(大小为步骤不按比例)。

这是一个简化的示例 - 实际上,我有八组不同的数据集,它们具有不同的截断周期,每组大约有 2000 个数据点。

期望的输出

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r - fortify 中的日期格式问题(Arima 模型)

嗨,感谢您阅读我。

我正在使用 ARIMA 模型,我想将模型转换为 DataFrame,然后将其与数据库一起导出,但日期格式不正确。日期应采用以下格式:“yyyy-mm-dd”。例如,我得到“2007.000”而不是“2007-01-03”。有没有办法解决它?

我使用的代码如下:

我希望表格(和日期格式)看起来像这样:

但不是这个,我得到以下内容:

谢谢您的帮助

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r - 如何在 R 中的 ggfortify 中编辑图例

我正在使用 carData::Rossi 数据来估计生存曲线。这是我用来生成绘图的代码:

我得到了这个结果:

在此处输入图像描述

如何将分层标签更改为 Race?

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pca - ggfortify 自动绘图 prcomp 转换

当使用 ggfortify 和 prcomp 确定主成分时,这些值与稍后使用 autoplot 绘制的值不同。

这是因为 ggfortify 中发生了转换,但我正在努力寻找有关转换是什么的细节。我不一定需要知道确切的公式,但至少描述一下会很有用。

在下图中,您将看到: 左:pca$x。对:autoplot(pca)。如您所见,缩放比例已更改且值不对应。

左:pca$x。 右:'自动绘图(pca)'

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r - autoplot() 函数中的属性不做任何事情,R

我有一个包含时间、状态( 1=death, 0 = censored)、treatment =1,2 的数据集。
我创建了我的生存对象 km_2,我想使用 autoplot() 绘制 Kaplan-Meijer 图。我不知道我的错误是什么,但设置属性(例如 legendLabs)不会对基本的 KM 图进行任何更改。