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首先我想说我是 R 的新手，尤其是这个网站的新手，所以如果有必要在这里澄清任何事情，请告诉我！我还不太了解所有内容，因此请随时“低调”。

问题：我想创建描述两组（在本例中为物种）的 PCA 图。我还想在它们周围绘制椭圆或框架。

谢天谢地，我已经使用 ggplot2 完成了这项任务！但是，我无法更改超出默认值的点或椭圆/框架的颜色。

你能在这件事上提供一些帮助吗？

请看下面的示例代码，这只是PCA示例中经常使用的传统鸢尾花数据集。

###load in plackages###
library(ggbiplot)
library(ggfortify)
library(cluster)

#my actual data is very similar to the iris data, though in my data the     "Species" column is first
head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa
df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
autoplot(prcomp(df))
autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species') #pca graph with   species depicted in different colors

用不同颜色描绘的物种的 PCA 图

autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', shape='Species', frame=T)

点周围有框架的 PCA 图表

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2 回答 2

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我做了同样的 PCA

data<-iris
df<-iris[c(1, 2, 3, 4)]
PC<-prcomp(df)
PCi<-data.frame(PC$x,Species=data$Species)

现在你ggplot像往常一样做正常的绘图和更改参数

ggplot(PCi,aes(x=PC1,y=PC2,col=Species))+
   geom_point(size=3,alpha=0.5)+ #Size and alpha just for fun
   scale_color_manual(values = c("#FF1BB3","#A7FF5B","#99554D"))+ #your colors here
   theme_classic()

在此处输入图像描述

另外，检查scale_fill_manual框架

编辑

我认为添加框架应该更容易，在这里查看https://stats.stackexchange.com/questions/22805/how-to-draw-neat-polygons-around-scatterplot-regions-in-ggplot2
和这里 ggplot2: geom_polygon无填充

另外，我仍然相信 ggbiplot 应该处理scale_color_manual并且scale_fill_manual，你能更新你失败的问题吗？

于 2015-11-10T23:18:15.120 回答
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很棒的酱！

答案在这些示例中并没有完全隐藏，但我发现 scale_color_manual 和 scale_fill_manual 完全符合我的要求：将框架更改为任何可以想象的颜色！

#using autoplot from earlier, I placed it into an object
a<-autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', shape='Species', frame=T)
#then I added on scale_color_manual and scale_fill_manual with the wacky color combos that would never be publishable 
a + scale_fill_manual(values = c("#FF1BB3","#A7FF5B","#99554D")) + scale_color_manual(values = c("black","white","orange"))

不同颜色的 PCA 图

非常感谢你的帮忙！非常感谢这里有这个小（或相当大的）小组！

于 2015-11-11T01:45:12.600 回答