问题标签 [biplot]

我使用这行代码创建了一个双标图：

结果我得到了这张图片：Biplot

无论如何我可以提取箭头所示的基因名称吗？例如在 csv 文件或列表中的 R 对象中？

谢谢

我正在研究肠道微生物群数据。我想执行一个双标图，显示我的两种肠型和主要的 OTU，解释我的两种肠型之间的差异。

类似于：从https://doi.org/10.1038/srep08397在此处输入图像描述

我正在使用包 ade4 来绘制肠型，这给了我一个很好的情节，但我找不到如何添加 OTU 加载

我的脚本：

这段代码给了我这个情节：在此处输入图像描述

我还使用 vegan 包中的 envfit 函数运行以下代码，它允许我绘制 OTU，但生成的图不像上面使用 ade4 包中的 s.class 函数那样令人愉快。

在此处查看结果：在此处输入图像描述

我想知道是否有人已经使用 ade4 包绘制了 biplot 并且能够为 OTU 添加箭头。如果是，任何提示将不胜感激

我正在使用加州住房数据集。该数据集有 20640 个观测值和 10 个属性。我正在使用 R 制作双图，但我获得的数字不是很可读。输出如下在此处输入图像描述

我正在使用一个简单的代码来制作这个输出。

反正有没有让这个双标图看起来可读。

你好我有一个多元数据集

我对我的缩放数据执行了 PCA，并使用fviz_pca_biplot()了显示双标图的函数。

这是我所做的一个例子：

（以 mtcars 为例）

“mpg” “cyl” “disp” “hp” “drat” “wt” “qsec” “vs” “am” “gear” “carb”

问题是我不仅想通过“gear”变量显示标签，还想通过 mtcars 数据集的“am”变量显示标签，点颜色相对于“gear”变量，点的形状相对于“我”变量

我希望使用 factoextra 包在主成分分析双图上显示观察行名称。

)

提前致谢

我在 factoextra 中使用 fviz_pca_biplot 生成双图。以下代码提供了我的数据集和双图的示例。我想标记点的子集，而不是全部。例如，只有单一属的物种，如桉树。我无法弄清楚如何，或者即使它是可能的。任何人都可以提出解决方案吗？

在 Yellowbrick 中，我想在我的 biplot 中显示样本名称，就像在这个 R 示例中一样： 如何在 pca biplot 中显示观察结果？

我的代码相当简单：

问候

我正在将我的 PCA 绘制为双标图

但我不能将我的点改为正方形（pch=15）。

对于单组观察，我使用如下代码

但是

没有改变任何东西，我一直得到默认的圈子。