r - 使用自动绘图的相关性和距离双标图？

Question

通过 R (USarrests) 提供的示例，我想问是否有人可以告诉我自动绘图中的缩放会导致什么？我熟悉 Borcard 等人中描述的距离和相关双图。（2011）。自动绘图功能使双标图更好，但我找不到您如何使用该函数简单地区分距离和相关类型双标图。

# Distance biplot (scaling = 1)
biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), scale=0)

# correlation biplot (scaling =2)
biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), pc.biplot=TRUE)

# using autoplot there are several options: 
library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), pc.biplot=TRUE, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

# I assume this is equal to the correlation biplot
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), scale=0, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), scale=1, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), scale=2, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

我可以使用自动绘图简单地绘制距离（缩放 = 1）吗？

Answer 1

是的，

ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale = TRUE), scale = 0, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

和

biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), scale = s)

给出 0 <= s <= 1 的类似结果。看看stats:::biplot.prcomp并ggfortify:::autoplot.prcomp说服自己。特别是，这两个功能都有（以下来自stats:::biplot.prcomp）

lam <- x$sdev[choices]
n <- NROW(scores)
lam <- lam * sqrt(n)
lam <- lam^scale
biplot.default(t(t(scores[, choices])/lam), t(t(x$rotation[, 
        choices]) * lam), ...)

这解释了 的作用scale。另见?ggbiplot和?autoplot.prcomp。