我的问题与使用 phyloseq() 构建 phyloseq 对象有关。我已经关注了https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html和https://vaulot.github.io/tutorials/Phyloseq_tutorial.html 并且代码之前已经运行过。

具体来说，当我的样本在 otu_mat 和 samples_df 中都相同时，为什么 sample_names() 返回一个 NULL 值向量

这是开始的文件：

这是错误：

validObject(.Object) 中的错误：无效类“phyloseq”对象：组件样本名称不匹配。试试 sample_names()

我使用 sample_names() 重试，它返回一个 NULL 值向量

样本 = 样本名称（样本_df）

这是验证样本名称匹配

任何帮助是极大的赞赏！

我在 R 上创建我想要的调色板时遇到困难......我只是想在条形图中绘制我的 phyloseq 对象（称为 physeq）的不同门的分布。为了给每个门分配一种颜色（所以颜色在设置 phyloseq 对象后不会改变），我使用了这些行：

查看整个数据集中有多少门：

创建具有 28 种不同颜色的随机调色板：

将一种颜色分配给一个门：

但是，我有一个名为“undetermined_Eukaryota”的门，我希望它具有黑色。

你有一个解决方案来获得相同的调色板：

1. 27 门的随机调色板

和

2. 门“undetermined_Eukaryota”的固定颜色为黑色

非常非常感谢您的帮助！

我正在关注这条管道（https://www.nicholas-olberding.com/post/introduction-to-the-statistical-analysis-of-microbiome-data-in-r/）以获取箱形图图像中的相对丰度，像这样（https://www.nicholas-ollberding.com/post/2019-07-28-introduction-to-the-statistical-analysis-of-microbiome-data-in-r_files/figure-html/box%20plot-1 .png）。

我尝试了以下代码

但我想修改像门级图这样的数字，但在这里，这些点将表示属/科/种。

我使用自己的数据成功完成了 DADA2 管道教程 ( https://benjjneb.github.io/dada2/tutorial.html )，但在过渡到 Phyloseq 时遇到了困难。我需要从文件名中编码的信息构造一个简单的 data.frame。这是教程中提供的代码。

我的应该比这更简单，因为我没有时间作为一个因素。我只有六个治疗组。

这是我想弄清楚的。

如果有人使用自己的数据完成了本教程并理解了这种转变，我将不胜感激您的见解。谢谢

我使用库 phyloseq 将 .biom 数据加载到 R 中。

我想要的数据的子集。

然后尝试按分类群进行子集。

总是导致这个错误。请帮忙！？

我有一棵树，我想得到树的一部分，它是cutree 组的祖先。

我cutree用来获取一定数量的组：

如何获得树的左边部分？本质上是这样的tree2：

我需要将我的 OTU 表从我的 phyloseq 对象转换为数据框，以便我可以使用它来运行 PICRUSt2，但as.data.frame(physeq@otu_table)不会使其成为数据框。我试过pie<-as.matrix(physeq@otu_table)了，当我说它is.matrix(pie) #it says TRUE时，但当我说它class(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq"甚至不会假装是一个数据框时：

我不能只使用我的 asv_mat 在我将它放入 phyloseq 对象之前，因为我必须从我的 phyloseq 对象中移除线粒体和叶绿体。这仍将在 asv_mat 中。

提前致谢

这是我在将我的 OTU 表、元数据、分类和树作为一个对象导入 R 后当前使用的代码。我遇到的问题是在最后一行，我不断收到错误“dimnames(x) <- dn 中的错误：'dimnames' [1] 的长度不等于数组范围”

我使用来自 phyloseq 对象（称为“ps_rel_abund”）的 ggplot2 创建了一个条形图，使用以下代码：

生成的条形图有不需要的条纹，看起来几乎就像每个条形中的颜色渐变（见下文）：

我使用了“stat_summary”并按照其他帖子中的建议从“geom_bar”中删除了黑线，这大大改善了图形，但奇怪的彩色条纹仍然存在。使用以下代码将我的条形图转换为饼图时，这些线条更加明显：

饼图如下所示（见下文）：

非常感谢解决此问题的任何帮助。先感谢您！

我对 phyloseq 比较陌生，我很难获得一个相对丰富的 otu-table 可以接受输入到siamcat R 代码进行元分析。

在这里我收到一条错误消息： all(colnames(rel_table) == metadata$sample_id) is not TRUE 并且以下siamcat 代码根本不起作用。

我的metadata[1:5, 1:5]：sample_id absolute_filepath study Experiment_acce… study_title

1 SRR8547628 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349649 c… 2 SRR8547629 $PWD/Chen_2020_da… Chen… SRX5349648 c… 3 SRR8547630 $PWD/Chen_202647_da… C… 4 SRR8547631 $PWD/Chen_2020_da... Chen... SRX5349646 解剖 c... 5 SRR8547632 $PWD/Chen_2020_da... Chen... SRX5349645 解剖 c...</p>

my rel-table[1:5, 1:5]: SRR5092146 SRR5092147 SRR5092148 SRR5092149 Phragmoplastophyta 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Vertebrata 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Apicomplexa 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Ascomycota 0 0.0000000 0.00000000 0.000000000 Campilobacterota 0 0.2465222 0.01166882 0.004337051 SRR5092150 Phragmoplastophyta 0.00000000 Vertebrata 0.00000000 Apicomplexa 0.00000000 Ascomycota 0.00000000 Campilobacterota 0.02106281

nrow(metadata)= 154 ncol(rel_table)= 154

请问，为什么不工作？我现在尝试了几个星期，但我无法让代码正常运行......

感谢您的时间和帮助。