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我使用库 phyloseq 将 .biom 数据加载到 R 中。

Data2020 <- import_biom("XXX")
mapfile2020 <- import_qiime_sample_data("XXX")
tree <- read_tree("XXX")

mydata <- merge_phyloseq(Data2020, mapfile2020, tree)
colnames(tax_table(mydata)) <- c("Kingdom", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species") 

ps <- mydata 
ps1 <- subset_taxa(ps, Phylum != "NA")

我想要的数据的子集。

WRB_data <- subset_samples(ps1, Site=="WRB")

然后尝试按分类群进行子集。

WRB_data2 <- subset_taxa(WRB_data, Phylum=="Acidobacteria")

总是导致这个错误。请帮忙！？

Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [1] not equal to array extent
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1 回答 1

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没有数据很难验证，但看起来 . 中没有酸杆菌门的分类群WRB_data。

于 2021-06-23T12:33:35.293 回答