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我需要将我的 OTU 表从我的 phyloseq 对象转换为数据框，以便我可以使用它来运行 PICRUSt2，但as.data.frame(physeq@otu_table)不会使其成为数据框。我试过pie<-as.matrix(physeq@otu_table)了，当我说它is.matrix(pie) #it says TRUE时，但当我说它class(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq"甚至不会假装是一个数据框时：

pie<-as.data.frame(physeq@otu_table)
is.data.frame(pie)
#FALSE

我不能只使用我的 asv_mat 在我将它放入 phyloseq 对象之前，因为我必须从我的 phyloseq 对象中移除线粒体和叶绿体。这仍将在 asv_mat 中。

提前致谢

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pie<-as.matrix(physeq@otu_table)
pie<-as.data.frame(pie)

使其成为矩阵，然后保存为数据框并记住将原始矩阵保存为数据框（即pie<-as.data.frame(pie)，而不仅仅是as.data.frame(pie)）。

于 2021-03-09T17:06:53.620 回答
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抱歉，我没有足够的信息来正确地帮助你，但你有没有尝试过使用 tidyverse 包中的 as_tibble() 而不是 as_dataframe() ？

于 2021-03-09T08:33:30.090 回答