r - 按一个然后另一个参数对x轴排序并在ggplot（phyloseq）中绘图

Question

我正在尝试在 ggplot 中绘制我的 phyloseq/deseq2 数据输出（y 上的 Log2FoldChange 和 x 上的物种名称），我希望能够通过自养和异养以及最大最小值对它们进行排序。我在分类文件中添加了一个名为“Trophic”的列。

分类文件片段

管道将 phyloseq 对象转换为 deseq 对象，这就是 Log2FoldChange 的用武之地。

deseq 输出片段

然后将它们结合起来，这就是我正在使用的。（如果您需要更多，这里是教程）

我有这段代码，我认为它按从最高到最低的 Log2FoldChange 排序物种，并得出这样的图表。

x = tapply(sigtab$log2FoldChange, sigtab$Species, function(x) max(x)) 
x = sort(x, TRUE)
sigtab$Species = factor(as.character(sigtab$Species), levels=names(x)

但是，我不完全确定如何修改它以便让它们首先按营养状态分类，然后按物种分类，然后按原样绘制。

我基本上希望能够拥有同一个图的两个“边”（自动然后异类），两者都从 Log2FoldChange 的最大值到最小值排序。

谁能帮我解决这个问题？