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尝试安装 bioconductor（用于安装 phyloseq 包）时，我收到几条警告和错误消息

几天前我得到了一个新的硬盘驱动器，所以我不得不重新安装所有程序，包括 R 以及我通常需要的所有软件包。在我尝试使用 bioconductor 之前，一切都很好。

我正在使用之前为我制定的推荐代码： source(' http://bioconductor.org/biocLite.R ') biocLite('phyloseq')

我得到的错误信息是：

使用 Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0)、R 3.6.0 (2019-04-26)。安装路径不可写，无法更新包：集群，nlme 更新包'bipartite'警告：无法访问存储库索引 https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6：
无法打开网址' https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES

那么显然有几个问题？

  1. 由于错误的 libpath 和
  2. R 无法打开生物导体

感谢您的建议！

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1 回答 1

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Bioconductor 与特定版本的 R 相关联。您尝试在不匹配的 R (3.6) 版本上使用 Bioconductor (3.7) 版本。版本之间存在映射，但根本问题是您正在使用 R-3.5 库，希望它们能在 R-3.6 中工作。您应该使用特定于 R-3.6 的安装来“重新开始”。此外，“BiocInstaller”已替换为 BiocManager；如包裹登陆页面所示，您的“推荐代码”已过期。

如果您想继续使用以前的库安装（请注意，这是一条单行道——您将放弃可用的 R-3.5 安装），请尝试删除所有版本的 BiocVersion 和 BiocInstaller 软件包。.

remove.packages(c("BiocVersion", "BiocInstaller")) # repeat 'till all removed

从新库开始或删除以前版本的 BiocVersion / BiocInstaller 后，从 CRAN 安装 BiocManager

install.packages("BiocManager")

做你的事

BiocManager::install("phyloseq")

确保验证您的安装，以免混合来自不同 Bioconductor 版本的软件包

BiocManager::valid()

查看当前的包登陆页面，例如phyloseq或安装页面。

于 2019-05-24T20:55:37.663 回答