我是 R 新手。我有想要转换为 Phyloseq 的 uBiome 数据(csv 格式)。一直在尝试使用这个名为Actino的 R 包,但每当我使用该actino::experiment_to_phyloseq()
函数时,都会"Error: Each row of output must be identified by a unique combination of keys"
出现。还"Keys are shared for 2956 rows"
与行对列表一起说。
我有两个文件:csv 文件 ( taxannotation.csv
) 和 mapfile ( mapfile.csv
)。我的csv 文件包含 ssr、tax_name、tax_rank、count 和 percent 列。
地图文件在第一列包含类似于 csv 文件中的 ssrs 以及其他属性。
我使用代码
taxannotation.ps<-experiment_to_phyloseq(taxannotation,mapfile)
虽然我的 csv 文件中的 ssrs 在不同的行中重复,但我相信其他列(例如 tax_name、tax_rank、count 和 percent)都为每一行提供了不同的标识。
已经尝试寻找答案,但从未真正找到有用或有用的答案。