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当我尝试对我的相异矩阵进行 betadisper 时，我得到了标题中的错误。在查看我的环境时，它清楚地显示“dist”。

as.dist() 没有帮助

#fhf is a phyloseq object

veganotu = function(physeq) {
    require("vegan")
    OTU = otu_table(physeq)
    if (taxa_are_rows(OTU)) {
        OTU = t(OTU)
    }
    return(as(OTU, "matrix"))
}

Group <- sample_names(fhf)
dissimilarity_matrix <- vegdist(veganotu(fhf), method="bray")
homogen <- betadisper(dissimilarity_matrix ~ Group)
anova(homogen)

我希望得到与此类似的结果，但具有其他值：

方差表分析

响应：距离 Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) Groups 5 0.021037 0.0042074 1.5524 0.252 Residuals 11 0.029813 0.0027103

错误信息：

betadisper 中的错误（dissimilarity_matrix ~ Group）：距离“d”必须是“dist”对象

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betadisper不接受公式。你必须写betadisper(dissimilarity_matrix, Group)。

于 2019-05-31T06:03:29.107 回答