r - r - phyloseq - 物种以外的分类群（科、目等）的排序

Question

我已经查看了 phyloseq 教程，但我无法确定如何确定压力水平并绘制特定分类群（物种除外）的排序，例如家庭或其他分类。

为了说明我的观点，这里是以下 R 代码：

library("phyloseq")

data(GlobalPatterns)

GP <- GlobalPatterns

这是试图仅隔离家庭分类群

GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"]

GPotu <- otu_table(GP)

GPsd <- sample_data(GP)

GPpt <- phy_tree(GP)

GPnew <- phyloseq(GPotu, GPsd, GPtaxa, GPpt)

使用默认的 GlobalPatterns 数据集

GP1 <- ordinate(GP, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP1$stress

# [1] 0.1612348

使用修订后的 GlobalPatterns 数据集，将家庭作为唯一的分类群

GP2 <- ordinate(GPnew, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP2$stress

# [1] 0.1612348

您如何使用 phyloseq 对除物种以外的分类群进行排序？

我知道如何在素食主义者中做到这一点，但我需要一个 phyloseq 解决方案。

谢谢你。

Answer 1

您对tax_table()访问器方法的调用没有按照您在帖子中的建议进行子集化或聚集。它只是单独返回分类表，以通用矩阵括号表示法子集到"Family"列中。

您正在寻找的是tax_glom首先进行集聚。

library("phyloseq")
data(GlobalPatterns)
GPnew <- tax_glom(GlobalPatterns, "Family")

现在受戒

ord1 <- ordinate(GPnew, "NMDS", "bray")
plot_ordination(GPnew, ord1, color="SampleType")