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我正在使用这个名为“phyloseq”的 R 包来分析生物信息学数据。

otumat = matrix(sample(1:100, 100, replace = TRUE), nrow = 10, ncol = 10)
otumat

rownames(otumat) <- paste0("OTU", 1:nrow(otumat))
colnames(otumat) <- paste0("Sample", 1:ncol(otumat))
otumat

taxmat = matrix(sample(letters, 70, replace = TRUE), nrow = nrow(otumat), ncol = 7)
rownames(taxmat) <- rownames(otumat)
colnames(taxmat) <- c("Domain", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", 
                      "Species")
taxmat

library("phyloseq")
OTU = otu_table(otumat, taxa_are_rows = TRUE)
TAX = tax_table(taxmat)
OTU
TAX

physeq = phyloseq(OTU, TAX)
physeq

plot_bar(physeq, fill = "Family")

因此生成的条形图不会将同一个 Family 堆叠在一起。例如，样本 10 中有两个单独的“I”块。我知道使用 ggplot2 的 phyloseq 绘图图。有谁知道我可以将哪些 ggplot2 相关代码添加到 lot_bar(physeq, fill = "Family") 以在条形图中将同一个系列堆叠在一起？

在此处输入图像描述

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2 回答 2

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您需要重新排序用于 x 轴的因子的水平。physeq大概有一个名为“Sample”的列（没有安装相关的软件包），您需要重新排序其中的级别。

应该可以使用这样的命令

physeq$Sample <- factor(physeq$Sample, levels = paste0("Sample", 1:10))

然后它应该正确绘制。

您可能需要挖掘以找到要更改的相关部分

于 2016-04-25T20:21:09.950 回答
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实际上，相对而言，该plot_bar功能确实已经完成了您的要求：

# preliminaries
rm(list = ls())
library("phyloseq"); packageVersion("phyloseq")
data("GlobalPatterns")
gp.ch = subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Chlamydiae")
# the function call that does what you're asking for
plot_bar(gp.ch, fill = "Family")

有关更多详细信息，请参阅以下帮助教程，示例：

https://joey711.github.io/phyloseq/plot_bar-examples.html

您也可以指定 x 轴分组。

于 2017-04-21T19:56:03.923 回答