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我想使用 ggplot2 为我正在处理的一些数据制作一个 NMDS 排序图。有一个很好的例子说明如何从以前的堆栈溢出线程中找到这里：Plotting ordiellipse function from vegan package to NMDS plot created in ggplot2

我试图从这个先前的线程中复制这个函数并用于我的数据。但是，在将函数传递给 R. 后，我遇到了以下错误消息：

数组（x，c（长度（x），1L）中的错误，如果（！is.null（名称（x）））列表（名称（x），：“数据”必须是向量类型，为“空” '

我可以使该功能适用​​于 Vegan 包提供的沙丘数据集，但我自己的数据集遇到了障碍。任何人有任何想法或想法？我在下面提供了一个指向我的数据集的链接，并在下面粘贴了我的代码。

数据可见： https ://docs.google.com/spreadsheets/d/1O2YCapLaCMlCco3-0mZ07_KoJPTfWdjWYudLvMd183Y/edit?usp=sharing

代码：

# rm(list=ls(all=T))
setwd('C:')
library(vegan)
library(ggplot2)

PCBprop<-read.csv("PCBprop_stackoverflow.csv", header=T)
#Subset to just Lake Michigan Observation
MICH<-PCBprop[with(PCBprop, BASIN=="MICHIGAN"),]
#MICHIGAN
michcovariate<-MICH[,c(1,2)]#covariate data
michcongener<- MICH[,3:60]# PCB congener data
michpcbnmds <- metaMDS(michcongener, k = 2, distance ='bray', autotransform = TRUE, trymax=500) 
score<-scores(michpcbnmds)
nmdsscores<-data.frame(cbind(michcovariate,score))
plot(michpcbnmds$points, col = nmdsscores$CAT2) #Basic ordination plot from Vegan
ord<-ordiellipse(michpcbnmds, nmdsscores$CAT2, display = "sites", kind = "se", conf = 0.95, label        = T) #95% ellipses on plot

#Ordiellipse Graph
NMDS = data.frame(NMDS1 = nmdsscores$NMDS1, NMDS2=nmdsscores$NMDS2, group=nmdsscores$CAT2)#sets up data frame 
df_ell <- data.frame()
for(g in levels(NMDS$group)){
df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,],
                                                  vegan:::veganCovEllipse(ord[[g]]$cov,ord[[g]]$center,ord[[g]]$scale))) ,group=g))}



g1<-ggplot(data = NMDS, aes(NMDS1, NMDS2)) + geom_point(aes(color = group), size=1.5) +
geom_path(data=df_ell, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1.5, linetype=2) +
scale_colour_brewer(palette="Dark2", name="Species_Location")
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1 回答 1

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像这样？

问题在于ord[[g]] = NULL其中一组 ( BND_NO)。这可能是因为当 时该组只有 2 行数据，这BASIN==MICHIGAN不足以生成 95% 的置信椭圆。

我在循环的开头添加了以下行：

if(is.null(ord[[g]])) next

生成上面的图。

于 2014-11-04T21:58:17.090 回答