问题标签 [vegan]

在我的 RDA 三图中，我想显示“站点”、“物种”及其约束条件，在我的例子中是 Field 和 Trt。问题是并非所有级别的约束都显示在图中。每个因素有两个水平。

我的 RDA 代码是：

我是新的 R 用户，所以我提前为我的无知道歉。我有一个流大型无脊椎动物数据的社区矩阵（作为行标题和物种作为列标题的图）。我想将数据稀疏到每个地块 500 个人，执行 1000 次，然后计算流健康指标（例如，% EPT）。在这一点上，我还没有成功地建立一个循环来将数据稀疏 1000 次（甚至 10 次）。我正在使用一个简化的数据集（6 个物种，12 个地块）来找出正确的代码，因为我的社区矩阵有 > 100 个物种。我正在使用这个网站 (http://ichthyology.usm.edu/courses/multivariate/diversity.R) 作为开发正确代码的模板。提前感谢您对此代码的任何帮助。

我的矩阵有 6 个物种，12 个地块

我可以rarefy使用 vegan 包将此数据集 1x，但我想重复执行此操作

但是当我尝试将其作为循环执行 10 次时我没有运气

我有一个物种丰度数据集，其中有很多零，即使我trymax = 1000为metaMDS()程序设置，也无法找到压力的稳定解决方案。我已经尝试过合并数据（将多年合并以减少零的数量），但我不能再这样做了。我只是想知道是否有人知道 - 选择 R 最后给我的东西（1000 个解决方案中的最低值）在科学上是否有效，还是我不应该使用 NMDS，因为它找不到稳定的位置？互联网上似乎很少有这方面的信息。

我有一个环境数据集，它是混合数据（因子、有序和数字）。我想对该rda()函数使用以下输入方法：

但是，如果我以这种方式输入所有 3 个数据框，它们需要是矩阵。我不想将约束或条件数据帧转换为矩阵，因为我已在其中分解和排序数据。我发现以正确格式输入它们的唯一另一种方法是将它们单独分解为所有向量。如果您手动执行此操作，则此方法有效，但我需要遍历几个条件和约束数据框。有人有什么想法吗？

一个例子：

这就是我想做的，但它很长，而且很难编写代码来迭代数据集

如果这是可能的，那就太好了，因为我可以将约束变量放在一个数据框中，将条件变量放在另一个数据框中，但它们必须是矩阵，这会混淆有序变量和因子变量。

非常感谢您的帮助

抢

我正在努力完成我在 vegan 和 ggplot2 中创建的 NMDS 图，但无法弄清楚如何将 envfit 物种加载向量添加到图中。当我尝试它说“无效的图形状态”。

下面的例子是从另一个问题（Plotting ordiellipse function from vegan package to NMDS plot created in ggplot2）稍微修改的，但它准确地表达了我想要包括的例子，因为我首先使用这个问题来帮助我将 metaMDS 放入 ggplot2 中：

我的功能有一些问题vegdist。我想用jaccard计算一个距离矩阵。我有二进制数据。

问题是我有一个 138037 行（站点）和 89 列（物种）的矩阵。我的脚本是：

或更可重复地：

它几乎立即产生错误：

我认为这是一个内存错误，但我不知道为什么如果我有一台 32GB 内存和 1 Tera 硬盘的电脑。

我还尝试使用dist包代理中的函数做一个 dist 矩阵：

它开始运行，但是当它达到 10 GB 的内存时，一个窗口宣布 R 犯了一个错误，它将关闭，所以它关闭并开始一个新的部分。

我真的不知道发生了什么，更不知道如何解决这个问题，有人可以帮助我吗？

我最近想按照空模型方法下的棋盘分数来计算pvalue本文采用的共现分析“使用网络分析探索土壤微生物群落中的共现模式”。

不幸的是，本文没有很好地描述 vegan 包的命令和参数的使用。

我相信R中必须有一些素食包专家在空模型下根据棋盘分数进行这种共现分析。

任何人都可以帮助我使用脚本或命令和参数来计算 R 中空模型下的 C 分数吗？

这个 C 分数的东西会给我一个矩阵pvalue，我可以用它来表示共现吗？

我想使用VEGAN. 我熟悉该display ="bp"命令，但这会添加被站点点遮挡的标签。有没有一种简单的方法可以删除这些？我很高兴稍后添加它们，即一旦导出并在 word 中发布。

到目前为止，我的代码如下：

帮助将不胜感激

我正在尝试制作一个类似于此问题底部所示的图：Adding ellipses to a principal component analysis (PCA) plot。但是，我既不熟悉ggplot也不熟悉修改函数ordiellipse()本身，如下所示：Color-coding 95% confidence ellipses for centroids。

因此，我尝试使用参数show.groups，ordiellipse()但我不知道如何告诉这个参数我想要什么。

我正在分析一个包含 83 个站点的表，其中包含大约 418 个物种的丰度数据。我运行了一个具有函数的 DCA，decorana()并在数据上降低了稀有物种的权重。之后，我将平均 Ellenberg 指标值拟合到排序上。

这是Habitat我需要通过以ordiellipse()点显示的所有 83 个图及其作为文本的图号在图表中可视化的因素。栖息地由九个类别组成，其中包括：

我能够为它们着色和标记，而无需在它们周围绘制椭圆：

但是我如何告诉show.groups参数如何为不同的Habitat类型着色以及为九个椭圆分配标准线型以外的不同线型？

到目前为止，我想出了这个情节使用：

但它相当难以捉摸，因为即使我添加了它也只显示没有绘图的椭圆display="site"。此外，由于它们严重重叠，很难看出哪个是哪个。因此，最好对每种栖息地类型进行不同的着色。

如果您需要我的 DCA 排序数据的摘录，它来了：

我使用“vegan”包创建了一个 NMDS 图，如下所示：

现在我有了这个 NMDS，我的观点得到了很好的传播。但是，我想添加情节的图形。我想给图中的点一个不同的颜色，这取决于我的数据集中的一个分类变量（变量称为“区域”），它有两个值（1 或 2）。

这可能吗？如果是这样，怎么办？

最好的，科恩