r - 如何通过R中的素食包计算空模型下的棋盘格分数（C分数）

Question

我最近想按照空模型方法下的棋盘分数来计算pvalue本文采用的共现分析“使用网络分析探索土壤微生物群落中的共现模式”。

不幸的是，本文没有很好地描述 vegan 包的命令和参数的使用。

我相信R中必须有一些素食包专家在空模型下根据棋盘分数进行这种共现分析。

任何人都可以帮助我使用脚本或命令和参数来计算 R 中空模型下的 C 分数吗？

这个 C 分数的东西会给我一个矩阵pvalue，我可以用它来表示共现吗？

Answer 1

我想这可能会回答你的问题：

library(vegan)

library(bipartite)

null.model <- oecosimu(species, bipartite::C.score, "swap", burnin=100, thin=10, statistic="evals", nsimul=10000) #where species is you species by sites matrix

print(null.model)

Answer 2

这应该可以快速估计 C 分数

library(vegan)
library(bipartite)
C.score(species, normalise=T, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesN
C.score(species, normalise=F, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesS
cscore.speciesN
cscore.speciesS