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我使用下面的脚本创建了一个显示物种的去趋势对应分析 (DCA)，但我想将站点添加到其中。我知道我可以使用简单的脚本来做到这一点：plot(vare.dca)，但不知道在改进图形后如何做到这一点。我是 R 新手，如果这是一个非常简单的问题，我深表歉意。非常感谢您的帮助！

bugs<-read.csv(file= "bugs.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE)
env<-read.csv(file= "envir.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE) 
library(vegan)

shnam <- make.cepnames(names(bugs)) # abbreviate Latin names
identify(pl, "sp", labels=shnam)
plot(vare.dca, dis="sp", type="n")
sel <- orditorp (vare.dca, dis="species", lab=shnam, pcol = "grey", pch="+")

“错误”和“环境”的数据在这里：https ://gist.github.com/anonymous/dcf0fad859eb879014b2

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一般的方法是使用points()方法，如

points(vare.dca, display = "sites", col = "red")

或者text()如果您想要站点/示例标签，请使用该方法。

orditorp()也可以使用，只需将参数更改为display = "sites"，您可以通过阅读确定?orditorp。

还有许多其他选项，最值得注意的是ordipointlabel()，它们将更加努力地阻止各种标签的重叠。

我已经在vegan中写了很多关于这些函数的博客文章，您可以查阅这些文章以获得更多解释和示例

  1. 整理素食第 1 部分中的排序图： ordilabel()
  2. 整理素食主义者第 2 部分中的排序图： orditorp()
  3. 整理排序图第 3 部分： ordipointlabel()
于 2013-08-01T14:56:39.777 回答